حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ محمد شمس الهی
دوره 25، شماره 2 ، تیر 1402، ، صفحه 133-143
چکیده
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA ...
بیشتر
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرمافزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیشترین مربوط به نژاد بربری بود. بیشترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کمترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوسوری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. همچنین بیشترین و کمترین تعداد ROH بهترتیب روی کروموزومهای دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسلهای حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیشترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کمترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری بهترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 بهدست آمد. همچنین Ne اکثر جمعیتهای موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادینمودن تولید و طراحی برنامههای مناسب جفتگیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری است.
محمد عبدلی؛ محمدباقر زندی؛ طاهر هرکی نژاد؛ مسعود خلیلی
دوره 23، شماره 2 ، تیر 1400، ، صفحه 155-163
چکیده
هدف از این پژوهش، بررسی ساختار ژنتیکی اسبهای بومی ایران با استفاده از 11 نشانگر ریزماهواره انجمن بینالمللی ژنتیک حیوانات (ISAG) برای مقایسه تنوع ژنتیکی و درک روابط بین جمعیتها موردبررسی قرار گرفت. بدین منظور از بانک اطلاعاتی فدراسیون سوارکاری کشور تعداد 565 اسب از سنین مختلف (ششماهگی تا 25 سالگی) از نژادهای اسب عرب اصیل، کاسپین، ...
بیشتر
هدف از این پژوهش، بررسی ساختار ژنتیکی اسبهای بومی ایران با استفاده از 11 نشانگر ریزماهواره انجمن بینالمللی ژنتیک حیوانات (ISAG) برای مقایسه تنوع ژنتیکی و درک روابط بین جمعیتها موردبررسی قرار گرفت. بدین منظور از بانک اطلاعاتی فدراسیون سوارکاری کشور تعداد 565 اسب از سنین مختلف (ششماهگی تا 25 سالگی) از نژادهای اسب عرب اصیل، کاسپین، درهشوری، کرد و ترکمن هر کدام به تعداد 113 راس انتخاب شدند. تعداد آللهای مشاهده شده برای هر جایگاه از هفت تا 19 آلل و با میانگین 10/81 آلل بود که جایگاه ASB17 با 19 آلل و جایگاه HTG4 با هفت آلل بهترتیب دارای بیشترین و کمترین تعداد آلل بودند. مقادیر میانگین هتروزیگوسیتی مشاهدهشده از بزرگترین به کوچکترین، متعلق به نژاد ترکمن (0/11±0/68)، کاسپین (0/07±0/67)، کرد (0/06±0/66)، درهشوری (0/07±0/65)، و عرب اصیل (0/08±0/62) بود. در بررسی ساختار جمعیتی بهروش جفت گروهی غیروزنی با کمک میانگین حسابی (UPGMA)، جمعیتهای کاسپین و کرد با یکدیگر در یک گروه ژنتیکی و سایر جمعیتها نیز در گروههای جداگانهای قرار گرفتند. نتایج حاصل از این پژوهش، این فرضیه که جمعیتهای کاسپین و کرد به اسبهای نسایی نزدیک هستند را تأیید کرد. بهطورکلی، نتایج بهدستآمده از این مطالعه نشاندهنده تنوع ژنتیکی بالا، با وجود شباهت ژنتیکی در برخی از جمعیتهای اسب موردمطالعه است. از طرفی گروهبندی ژنتیکی جمعیتها با مناطق جغرافیایی آنها همسان میباشد. نتایج حاصل از ریزماهوارهها بیانگر چندشکلیبودن و کارآمدی بالای جایگاههای مورد استفاده در آزمایشهای مطالعههای تعیین نژاد، تنوع و ساختار ژنتیکی برای اسبهای بومی کشور میباشد.
رقیه محمودی؛ محمدحسین مرادی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمدعثمان کریمی
دوره 22، شماره 4 ، دی 1399، ، صفحه 501-513
چکیده
هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 15 نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine 50kSNP تعیین ...
بیشتر
هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 15 نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine 50kSNP تعیین ژنوتیپ شدند. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، شناسایی تنوع CNV در سطح ژنوم این حیوانات با استفاده از مدل Hidden Markov نرم افزار PennCNV (نسخه 1/0/3) انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات مورد مطالعه دارای تغییر در تعداد کپی در سطح ژنوم بودند. در مجموع، 306 تنوع CNV در تمام کروموزوم های اتوزومی شناسایی شد. کل طول توالی این مناطق ژنومی معادل 128 مگاجفت باز و متوسط CNV به ازای هر گوسفند 20/4 مگا جفت باز بودند. پس از ادغام مناطق همپوشان در مجموع 286 ناحیه CNVR شناسایی شد. این مناطق ژنومی به منظور بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با آن ها مورد ارزیابی های بیوانفورماتیکی قرار گرفت. نتایج مطالعه هستی شناسی، نشان داد که بسیاری از این مناطق با مسیرهای بیولوژیکی مختلفی مانند باروری و عملکرد تولیدمثلی، خصوصیات لاشه و وزن بدن، توسعه سیستم ایمنی و سیستم اسکلتی-ماهیچه ای در ارتباط هستند.
رضا خلخالی ایوریق؛ سید حسن حافظیان؛ نعمت هدایت ایوریق؛ ایوب فرهادی؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 109-120
چکیده
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی ...
بیشتر
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوعهای شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندلهای نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندلهایی استفاده شد که در حاشیهنویسی به عنوان واریانتهای با اثر بالا طبقهبندی شده بودند. تعداد ایندلهای با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از دادههای توالییابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندلهای با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آنها مشترک میباشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنیدار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی میباشند.