تولیدات دامی

شماره جاری

بر اساس شماره‌های نشریه

بر اساس نویسندگان

بر اساس موضوعات

نمایه نویسندگان

نمایه کلیدواژه ها

درباره نشریه

اهداف و چشم انداز

اعضای هیات تحریریه

اصول اخلاقی انتشار مقاله

بانک ها و نمایه نامه ها

پیوندهای مفید

پرسش‌های متداول

فرایند پذیرش مقالات

اطلاعات آماری نشریه

اخبار و اعلانات

بررسی ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران با استفاده از نشان‌گرهای ریزماهواره

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران.

2 استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران.

3 دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران.

4 دکتری تخصصی ژنتیک و اصلاح نژاد دام، فدراسیون سوارکاری جمهوری اسلامی ایران، تهران، ایران.

چکیده

هدف از این پژوهش، بررسی ساختار ژنتیکی اسب‌های بومی ایران با استفاده از 11 نشان‌گر ریزماهواره انجمن بین‌المللی ژنتیک حیوانات (ISAG) برای مقایسه تنوع ژنتیکی و درک روابط بین جمعیت‌ها موردبررسی قرار گرفت. بدین منظور از بانک اطلاعاتی فدراسیون سوارکاری کشور تعداد 565 اسب از سنین مختلف (شش‌ماهگی تا 25 سالگی) از نژادهای اسب عرب اصیل، کاسپین، دره‌شوری، کرد و ترکمن هر کدام به تعداد 113 راس انتخاب شدند. تعداد آلل‌های مشاهده شده برای هر جایگاه از هفت تا 19 آلل و با میانگین 10/81 آلل بود که جایگاه ASB17 با 19 آلل و جایگاه HTG4 با هفت آلل به‌ترتیب دارای بیش‌ترین و کم‌ترین تعداد آلل بودند. مقادیر میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده‌شده از بزرگ‌ترین به کوچک‌ترین، متعلق به نژاد ترکمن (0/11±0/68)، کاسپین (0/07±0/67)، کرد (0/06±0/66)، دره‌شوری (0/07±0/65)، و عرب اصیل (0/08±0/62) بود. در بررسی‌ ساختار جمعیتی به‌روش جفت گروهی غیروزنی با کمک میانگین حسابی (UPGMA)، جمعیت‌های کاسپین و کرد با یکدیگر در یک گروه ژنتیکی و سایر جمعیت‌ها نیز در گروه‌های جداگانه‌ای قرار گرفتند. نتایج حاصل از این پژوهش، این فرضیه که جمعیت‌های کاسپین و کرد به اسب‌های نسایی نزدیک هستند را تأیید کرد. به‌طورکلی، نتایج به‌دست‌آمده از این مطالعه نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی بالا، با وجود شباهت ژنتیکی در برخی از جمعیت‌های اسب موردمطالعه است. از طرفی گروه‌بندی ژنتیکی جمعیت‌ها با مناطق جغرافیایی آن‌ها همسان می‌باشد. نتایج حاصل از ریزماهواره‌ها بیانگر چندشکلی‌بودن و کارآمدی بالای جایگاه‌های مورد استفاده در آزمایش‌های مطالعه‌های تعیین نژاد، تنوع و ساختار ژنتیکی برای اسب‌های بومی کشور می‌باشد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Genetic structure survey of Iranian native horse breeds by microsatellite markers

نویسندگان [English]

  • Mohammad Abdoli 1
  • Mohammad Bagher Zandi 2
  • Taher harkinezhad 3
  • Masoud Kahlili 4

1 Department of Animal Science, University of Zanjan, Zanjan, Iran

2 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Zanjan, Znajn, Iran.

3 Department of Animal Science, University of Zanjan, Zanjan, Iran

4 Equestrian Federation of Iran, Tehran, Iran

چکیده [English]

The aim of this study was to investigate the genetic structure of Iranian native horse breeds to compare genetic diversity and understanding the relationships between the populations using 11 ISAG microsatellite markers. For this reason, 565 samples of the Iranian Equestrian database from different ages including the Iranian Arab Asil, Caspian, Darehshouri, Kurdish and Turkmen and 113 samples were used for each breed. The number of observed alleles for each locus was 7 to 19 alleles with an average of 10.81 alleles, and it was 19 for ASB17 and 7 for HTG4 locus with the highest and lowest observed alleles ranking respectively. The average observed heterozygosity from the largest to the lowest rank was, Turkmen (0.68±0.11), Caspian (0.67±0.07), Kurdish (0.66±0.06) Darehshouri (0.65±0.07), and Arab Asil (0.62±0.08). Population structure analysis with UPGMA method showed that Caspian and Kurdish populations were grouped as a unit cluster while the other populations grouped as a separate cluster. These results confirmed this hypothesis that the Caspian and Kurdish populations are close to the Nisa horses. In general, the results of this study indicate that the Iranian native horses have got a high genetic diversity, despite of populations have genetic similarity and the other hand genetic clustering of the populations is consistent with their geographic distances. The result of this study shows that the ISAG microsatellite markers are polymorphic and have more efficiency for assignment genetic diversity and genetic structure analysis of Iranian native horse breeds.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Genetic diversity
  • genetic structure
  • Heterozygosity
  • Iranian native horse breeds
  • microsatellite markers
مراجع
  1. Askari N, Abadi MM and Baghizadeh A (2011) ISSR markers for assessing DNA polymorphism and genetic characterization of cattle, goat and sheep populations. Iranian Journal of Biotechnology. 9: 222-229.
  2. Berber N, Gaouar S, Leroy G, Kdidi S, Tabet Aouel N and Saidi Mehtar N (2014) Molecular characterization and differentiation of five horse breeds raised in Algeria using polymorphic microsatellite markers. Journal of Animal Breeding and Genetics. 131: 387-394.
  3. Binns MM, Holmes NG, Holliman A and Scott AM (1995) The identification of polymorphic microsatellite loci in the horse and their use in thoroughbred parentage testing. British Veterinary Journal. 151: 9-15.
  4. Breen M, Lindgren G, Binns MM, Norman J, Bell Z, Sandberg K and Ellegren H (1997) Genetical and physical assignments of equine microsatellites-first integration of anchored markers in horse genome mapping. Mammalian Genome. 8: 267-273.
  5. Ellegren H, Johansson M, Sandberg K and Andersson L (1992) Cloning of highly polymorphic microsatellites in the horse. Animal Genetics 23(2): 133-142.
  6. Excoffier L and Lischer HEL (2010) ARLEQUIN suite ver 3. 5: a new series of programs to perform population genetic analyses under Linux and Windows. Molecular Ecology Resources, 10: 564–567.
  7. Guerin G, Bertaud M and Amigues Y (1994) Characterization of seven new horse microsatellites: HMS1, HMS2, HMS3, HMS5, HMS6, HMS7 and HMS8. Animal Genetics. 25(1): 62-62.
  8. Kalinowski ST, Taper ML and Marshall TC (2007) Revising how the computer program Cervus accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Molecular Ecology. 16(5): 1099–1106.
  9. Khalili M (2009) Horse and my expertise. (ed. by M. Khalili), pp. 694. Nashr-e Zareh Publication, Iran.
  10. Khanahmadi AR, Rahimimianji Gh, Moradi-ShahreBabak H, Hafezian H, Zandi MB (2018a) Genomic scan for detection of selective sweeps in Turkmen horse population. Research On Animal Production, 9(19): 54–62.
  11. Khanahmadi AR, Rahimimianji Gh, Moradi-ShahreBabak H , Hafezian H, Zandi MB (2018b) Genomic Scan of Selective Signature in Kurd Horse. Journal of Animal Environment, 10(4): 119-128.
  12. Khanshour AM, Conant EK, Juras R and Cothran EG (2013) Microsatellite analysis for parentage testing of the Arabian horse breed from Syria. Turkish. Journal of Veterinary and Animal Sciences. 37:9-14.
  13. Lee SY and Cho GJ (2006) Parentage testing of Thoroughbred horse in Korea using microsatellite DNA typing. Journal of Veterinary Science. 7: 63-67.
  14. Ling Y, Ma Y, Guan W, Cheng Y, Wang Y, Han J, Jin D, Mang L and Mahmut H (2010)
  15. Mahrous, KF, Hassanane, M, Mordy, MA, Shafey, HI and Hassan, N (2011) Genetic variations in horse using microsatellite markers. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology. 9: 103-9.
  16. Marklund S, Ellegren H, Eriksson S, Sandberg K and Andersson L (1994) Parentage testing and linkage analysis in the horse using a set of highly polymorphic horse microsatellites. Journal of Animal Genetics. 25: 19-23.
  17. Nei M (1978) Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals. Genetics, 89 (3): 583-590.
  18. Ovchinnikov IV, Dahms T, Herauf B, McCann B, Juras R, Castaneda C and Cothran EG (2018) Genetic diversity and origin of the feral horses in Theodore Roosevelt National Park. PLoS ONE. 13 (8): e0200795.
  19. Pritchard JK, M Stephens and P Donnelly (2000) Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155: 945-959.
  20. Shahsavarani H and Rahimi-Mianji G (2010) Analysis of genetic diversity and estimation of inbreeding coefficient within Caspian horse population using microsatellite markers. African Journal of Biotechnology. 9: 293-299.
  21. Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A and Kumar S (2013) MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular biology and evolution. 30(12): 2725–2729.
  22. Vahdani Manaf MA, Mashayekhi MR, Hasanpour A, Ayubi MR (2017) Evaluation of the genetic diversity of Iranian Kurdish horses. Journal of Animal science research (Agricultural Science), 27(1): 95-102. (in Persian).
  23. Van Haeringen H, Bowling AT, Stott ML, Lenstra JA and Zwaagstra KA (1994) A highly polymorphic horse microsatellite locus: VHL20. Animal Genetics 25(3): 207-207.
  24. Yeh FC, Yang RC and Boyle T (2000) POPGENE VERSION 1.32: Microsoft Window-based Freeware for Population Genetic Analysis, University of Alberta. Canada.
تولیدات دامی
دوره 23، شماره 2
تیر 1400
صفحه 155-163
فایل ها
هم رسانی
ارجاع به این مقاله
آمار