حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
دوره 24، شماره 2 ، تیر 1401، ، صفحه 117-126
چکیده
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای ...
بیشتر
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای خانواده BLUPF90 انجام شد. نتایج براساس مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی کنترل‌شده در قالب پنجرههای بهطور میانگین 1/5 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شد. پنجرههایی که بیش از یک درصد واریانس را کنترل میکردند به‌عنوان مناطق ژنومی مؤثر و برای یافتن ژنهای کاندیدا استفاده شدند. تعداد 13 پنجره ژنومی معنیدار روی هشت کروموزوم، 23 درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای SMYD1، ADGRG6وCFL2بودند. بیش‌ترین واریانس مربوط به پنجرهای روی کروموزوم شماره دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژنهای کاندیدای ACSL1،PPA2 ، FGF2 و RBL2مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجرهها 38 درصد واریانس ژنتیکی را کنترل میکردند و مهمترین پنجره روی کروموزوم شماره چهار بود. هم‌چنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 23/7درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای ATRNL1و PTPN4بود. نتایج نشان داد چهار منطقه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. باتوجه به شناسایی مناطق ژنومی جدیدونقش کلیدی ژنهای ذکرشده مرتبط با مصرف خوراک میتوان کارایی روش تکمرحلهای برای پویش ژنومی صفات بازده مصرف خوراک را تأییدکرد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ ابوذر نجفی
دوره 23، شماره 4 ، دی 1400، ، صفحه 481-490
چکیده
درک کنترل ژنتیکی خلق و خوی به عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق و خوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن ...
بیشتر
درک کنترل ژنتیکی خلق و خوی به عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق و خوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن و رکوردهای فنوتیپی شامل سرعت خروج، امتیاز پن و امتیاز خلق و خوی استفاده شد. ارزیابی پویش کامل ژنوم با PLINK نسخه 1/90 انجام شد. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی بوسیله بسته نرم‌افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در نهایت تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاه‌های برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی، مسیرهای بیوشیمیایی و (ژنهای کاندیدای) neurotransmitter secretion (NRXN3 و CACNG3)،Cycle Dopamine Neurotransmitter Release (PPFIA2)، regulation of neuron projection development (GRID2)، neuron projection (SLC8A1 و KCNQ2)، Axonal growth inhibition (RTN4R)، Neurotrophin signaling pathway (MAP2K2، MAP3K5 و PSEN1) و Focal adhesion (TLN2) مرتبط با سرعت خروج شناسایی شدند. ژنهای کاندیدا شناسایی شده نقش مهمی در تفرق و تمایز سیناپس‌ها، انتقال دهنده‌های عصبی، بیماری‌های عصبی و اختلال روانی، استرس‌های اکسیداتیو و محیطی، گیرنده‌های هورمونی و هموستازی گلوکز داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته‌های این پژوهش می‌تواند در انتخاب ژنتیکی حیوانات با تولید بالاتر از طریق دام‌های آرام مفید باشد.
حسین عمرانی؛ رسول واعظ ترشیزی؛ علی اکبر مسعودی؛ علی رضا احسانی
دوره 19، شماره 1 ، اردیبهشت 1396، ، صفحه 33-45
چکیده
سندرم آسیت بیماری متابولیکی پرهزینه‌ای است که به دلیل انتخاب شدید برای سرعت رشد وکاهش ضریب تبدیل غذاییدر طیور اتفاق می‌افتد. این سندرم یکی از مهمترین عوامل مرگ‌ومیر در صنعت جوجه گوشتی است و عامل خسارات قابل‌توجه اقتصادی و کاهش آسایش حیوان است. در این تحقیق به منظور یافتن ژن و نواحی ژنومی مؤثر بر سندرم آسیت، مطالعه پویش کل ژنوم ...
بیشتر
سندرم آسیت بیماری متابولیکی پرهزینه‌ای است که به دلیل انتخاب شدید برای سرعت رشد وکاهش ضریب تبدیل غذاییدر طیور اتفاق می‌افتد. این سندرم یکی از مهمترین عوامل مرگ‌ومیر در صنعت جوجه گوشتی است و عامل خسارات قابل‌توجه اقتصادی و کاهش آسایش حیوان است. در این تحقیق به منظور یافتن ژن و نواحی ژنومی مؤثر بر سندرم آسیت، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) با استفاده از یک تراشه SNP 60k ژنوم مرغ در 101پرنده نسل F2 حاصل تلاقی دوطرفه مرغ بومی آذربایجان غربی و سویه گوشتی آرین انجام شد. از روش آماری بهترین پیشبینی نا اریب خطی (GBLUP) جهت بررسی ارتباط SNP ها با صفات مرتبط با آسیت استفاده شد. بر روی کروموزم هفت چندین SNP برای صفت نسبت بطن راست به کل بطن به عنوان شاخص آسیت، به سطح احتمال پیشنهادی (5-10 × 253/8) رسیدند.دو SNP پیشنهادی در داخل ژنCCDC141 و OSBPL6 واقع شدند که پیشتر به عنوان ژنهای مؤثر بر نارسائیهای قلبی در انسان گزارش شده بودند. این ناحیه ژنومی (14602723- 12745561) بر روی کروموزوم هفت شامل ژنهای متعددی است که در انسان بر روی هایپرتروفیعضله قلب، ضربان قلب و بیماری‌های قلبی تأثیر دارند. انتخاب برای مقاومت به آسیت در جوجههای گوشتی با استفاده از این یافتهها، باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی خواهد شد.