نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک.

2 دانشگاه اراک، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ شبیه‌سازی رایانه‌ای/ آنالیز آماری/ نقشه‌یابی ژن/ ژنومیک آماری/ بیوانفورماتیک/ توالی‌یابی

3 دانشگاه اراک، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ ژنومیک

10.22059/jap.2022.334405.623659

چکیده

هدف این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین بود. برای شناسایی پنجره‌های ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تک مرحله‌ای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بوسیله نرم‌افزارهای خانواده‌ی BLUPF90 انجام شد. نتایج براساس مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی کنترل شده در قالب پنجره‌های 5/1 مگابازی از SNP‌‌های مجاور ارائه شد. پنجره‌هایی که بیش از ‌یک درصد واریانس را کنترل می-کردند به عنوان مناطق ژنومی مؤثر و برای یافتن ژن‌های کاندیدا استفاده شدند. تعداد 13 پنجره ژنومی روی هشت کروموزوم، 23‌ درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه می‌کردند و حاوی ژن‌های کاندیدای SMYD1، ADGRG6 و CFL2بودند. بیشترین واریانس مربوط به پنجره‌ای روی کروموزوم شماره‌ی دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژن‌های کاندیدای ACSL1،‌PPA2 ‌، FGF2 و RBL2 مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجره‌ها 38‌ درصد واریانس ژنتیکی را کنترل می‌کردند و مهم‌ترین پنجره روی کروموزوم شماره‌ی چهار بود. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 7/23 درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کردند و حاوی ژن‌های کاندیدای ATRNL1 ‌و PTPN4 بود. نتایج نشان داد چهار منطقه‌ی ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. یافته‌های این پژوهش می‌تواند به عنوان منبع اطلاعاتی مهمی در ارزیابی ژنومی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی باشد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Genome-wide association study for related to feed efficiency traits in a Japanese quail using a single step approach

نویسندگان [English]

  • Hossein Mohammadi 1
  • Amir Hossein khalababdi farahani 2
  • Mohammad Hossein Moradi 3

1 Assistant Professor, Department of Animal Sciences, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Arak University, Arak, Iran

2 Department of animal science, University of Arak

3 Arak university

چکیده [English]

The aim was to evaluate the genetic architecture, genomic regions and candidate genes associated with body weight gain, feed intake and feed conversion ratio in Japanese quails. Genotyping data on 920 quails was used in a single-step genome-wide association study. BLUPf90 family software was used to perform related analyses. The proportion of additive genetic variance (agv) explained by genomic region with an average size of f 1.5-Mb was used to identify genomic regions associated and candidate genes, accounting for more than 1% of the agv. A total of 13 significant windows over 8 chromosomes were found for the body weight gain and including SMYD1, ADGRG6 and CFL2 candidate genes. A peak on CJA2 explained the largest proportion of variance. For feed intake, we identified 20 informative windows across 8 chromosomes, and a peak on CJA4 explained of agv. These regions, explained 38% of the agv and including ACSL, PPA2, FGF2 and RBL2 candidate genes. Also, for the feed conversion ratio, 12 significant windows were identified on 7 chromosomes and explained 23.7% of agv, contained ATRNL1 and PTPN4 candidate genes. Four genomic regions had a pleiotropic effect. These findings can be an important source of information in genomic evaluation of Japanese quails.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Body weight
  • Candidate Gene
  • feed conversion ratio
  • genome scan
  • Japanese quail