حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 01 خرداد 1401
چکیده
هدف این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین بود. برای شناسایی پنجره‌های ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تک مرحله‌ای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بوسیله نرم‌افزارهای خانواده‌ی ...
بیشتر
هدف این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین بود. برای شناسایی پنجره‌های ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تک مرحله‌ای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بوسیله نرم‌افزارهای خانواده‌ی BLUPF90 انجام شد. نتایج براساس مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی کنترل شده در قالب پنجره‌های 5/1 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شد. پنجره‌هایی که بیش از یک درصد واریانس را کنترل می-کردند به عنوان مناطق ژنومی مؤثر و برای یافتن ژن‌های کاندیدا استفاده شدند. تعداد 13 پنجره ژنومی روی هشت کروموزوم، 23 درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه می‌کردند و حاوی ژن‌های کاندیدای SMYD1، ADGRG6 و CFL2بودند. بیشترین واریانس مربوط به پنجره‌ای روی کروموزوم شماره‌ی دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژن‌های کاندیدای ACSL1،PPA2 ، FGF2 و RBL2 مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجره‌ها 38 درصد واریانس ژنتیکی را کنترل می‌کردند و مهم‌ترین پنجره روی کروموزوم شماره‌ی چهار بود. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 7/23 درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کردند و حاوی ژن‌های کاندیدای ATRNL1 و PTPN4 بود. نتایج نشان داد چهار منطقه‌ی ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. یافته‌های این پژوهش می‌تواند به عنوان منبع اطلاعاتی مهمی در ارزیابی ژنومی صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی باشد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ ابوذر نجفی
دوره 23، شماره 4 ، دی 1400، ، صفحه 481-490
چکیده
درک کنترل ژنتیکی خلق و خوی به عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق و خوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن ...
بیشتر
درک کنترل ژنتیکی خلق و خوی به عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق و خوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن و رکوردهای فنوتیپی شامل سرعت خروج، امتیاز پن و امتیاز خلق و خوی استفاده شد. ارزیابی پویش کامل ژنوم با PLINK نسخه 1/90 انجام شد. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی بوسیله بسته نرم‌افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی مسیرهای زیستی ژن‌های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در نهایت تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاه‌های برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی، مسیرهای بیوشیمیایی و (ژن‌های کاندیدای) neurotransmitter secretion (NRXN3 و CACNG3)،Cycle Dopamine Neurotransmitter Release (PPFIA2)، regulation of neuron projection development (GRID2)، neuron projection (SLC8A1 و KCNQ2)، Axonal growth inhibition (RTN4R)، Neurotrophin signaling pathway (MAP2K2، MAP3K5 و PSEN1) و Focal adhesion (TLN2) مرتبط با سرعت خروج شناسایی شدند. ژن‌های کاندیدا شناسایی شده نقش مهمی در تفرق و تمایز سیناپس‌ها، انتقال دهنده‌های عصبی، بیماری‌های عصبی و اختلال روانی، استرس‌های اکسیداتیو و محیطی، گیرنده‌های هورمونی و هموستازی گلوکز داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته‌های این پژوهش می‌تواند در انتخاب ژنتیکی حیوانات با تولید بالاتر از طریق دام‌های آرام مفید باشد.
رقیه محمودی؛ محمدحسین مرادی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمدعثمان کریمی
دوره 22، شماره 4 ، دی 1399، ، صفحه 501-513
چکیده
هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 15 نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine 50kSNP تعیین ...
بیشتر
هدف از این تحقیق شناسایی تنوع تعداد کپی (CNV) در سطح ژنوم یکی از نژادهای گوسفند کشور افغانستان به نام نژاد عربی و بررسی ارتباط مناطق ژنومی حامل این نوع تنوع، با مسیرهای بیولوژیکی مختلف بود. برای این منظور 15 نمونه حیوان با سن های مختلف از محیط پرورش این دام ها در استان هرات افغانستان جمع آوری و سپس با استفاده از آرایه هایIllumina Ovine 50kSNP تعیین ژنوتیپ شدند. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، شناسایی تنوع CNV در سطح ژنوم این حیوانات با استفاده از مدل Hidden Markov نرم افزار PennCNV (نسخه 1/0/3) انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که تمام حیوانات مورد مطالعه دارای تغییر در تعداد کپی در سطح ژنوم بودند. در مجموع، 306 تنوع CNV در تمام کروموزوم های اتوزومی شناسایی شد. کل طول توالی این مناطق ژنومی معادل 128 مگاجفت باز و متوسط CNV به ازای هر گوسفند 20/4 مگا جفت باز بودند. پس از ادغام مناطق همپوشان در مجموع 286 ناحیه CNVR شناسایی شد. این مناطق ژنومی به منظور بررسی مسیرهای متابولیکی مرتبط با آن ها مورد ارزیابی های بیوانفورماتیکی قرار گرفت. نتایج مطالعه هستی شناسی، نشان داد که بسیاری از این مناطق با مسیرهای بیولوژیکی مختلفی مانند باروری و عملکرد تولیدمثلی، خصوصیات لاشه و وزن بدن، توسعه سیستم ایمنی و سیستم اسکلتی-ماهیچه ای در ارتباط هستند.