تولیدات دامی

چکیده در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس­وری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر  SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (F_GRM)، میزان هموزیگوسیتی (F_HOM)، همبستگی گامت­ها (F_UNI)، با نرم­افزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (F_ROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرم­افزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کم‌ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (F_GRM، F_HOM، F_UNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش‌ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش‌ترین میزان F_ROH (0/159) در نژاد بربری و کم‌ترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوس­وری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. هم‌چنین بیش‌ترین و کم‌ترین تعداد ROH به‌ترتیب روی کروموزوم­های دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسل­های حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیش‌ترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کم‌ترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دین­پناه و پوس‌وری به‌ترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 به­دست آمد. هم‌چنین Ne اکثر جمعیت­های موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی‌نمودن تولید و طراحی برنامه­های مناسب جفت‌گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری  است.

چکیده به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه به‌ترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این داده‌ها طی سال‌های 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، به‌عنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی می‌شود. تغییرات وراثت‌پذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدل‌هایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل می‌شود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.

چکیده هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونه­گیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزش­های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیه­سازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد، گاما و یکنواخت با وراثت­پذیری 30 درصد مدل سازی شدند. توانایی پیش­بینی روش­های آماری با استفاده از آماره­های همبستگی بین  ارزش­های اصلاحی پیش­بینی شده و واقعی و همچنین رگرسیون  ارزش اصلاحی واقعی بر پیش­بینی شده  بررسی شد. نتایج  نشان داد در جمعیت­های تایید، روش RF باعث بیش-برآورد  رگرسیون ارزش­های اصلاحی واقعی بر پیش­بینی شده شد، در حالی که روش­های GBLUP، BayesB  و RKHS منجر به کم-برآورد ضریب رگرسیون شدند. به جز روش Bagging GBLUP در دیگر روش­ها تفاوت معنی داری با تغییر توزیع اثرات QTL مشاهده نشد اما در مجموع عملکرد دو روش GBLUP و BayesB نسبت به دیگر  روش­ها بهتر بود. یکی از دلایل احتمالی برتری GBLUP و BayesB بر دیگر  روش­ها می­تواند شبیه سازی صفات با اثرات صرفا ًژنتیکی افزایشی بوده باشد. به طور کلی، روش­های GBLUP و BayesB بر روش های بازنمونه­گیری در پیش­بینی های ژنومی ارجحیت دارند.