بتول اصغری اسفدن؛ غلامرضا داشاب؛ محمدحسین بنابازی؛ محمد رکوعی
دوره 22، شماره 2 ، تیر 1399، ، صفحه 187-198
چکیده
هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آنها با بیان ژن برای ژنهای با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فنآوری RNA-Seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. ...
بیشتر
هدف از پژوهش حاضر، بررسی الگوی ترجیح کدونی و ارتباط آنها با بیان ژن برای ژنهای با بیان متفاوت در بین نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد بود. در این مطالعه، از نتایج تجزیه بیان ژن افتراقی با استفاده از فنآوری RNA-Seq مربوط به نژادهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد (دو تیمار و هر تیمار دو تکرار بیولوژیک) استفاده شد. به همین منظور پس از تعیین نواحی ORF برای این ژنها، از نرمافزار CodonW جهت برآورد شاخصهای الگوی ترجیح کدونی ازجمله CAI، ENC، GC و GC3s استفاده شد. تجزیه ترجیح کدونی برای نواحی ORF ژنهای با بیان متفاوت، وجود همبستگی بالا و معنیداری (0/74) بین مقادیر شاخص GC کل و GC3s نشان داد. همچنین همبستگی بالا و معنیداری بین مقادیر ENC با GC کل و GC3sTو (0/65و0/77) مشاهده شد که نشاندهندهی نقش جهش در شکلگیری کدونها میباشد. بر اساس نتایج بدست آمده در این پژوهش، عواملی ازجمله مقدار GC، جهش و سطح بیان ژن نقش مهمی در شکلگیری کدونها در ژنهای موردمطالعه در این تحقیق داشتند. این مطالعه اولین مقایسه بین گاوهای خالص و آمیخته سیستانی و مونتبیلیارد میباشد که به درک بهتر ساز وکارهای تکاملی شکلگیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک میکند.
سُید نادر آلبوشوکه؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 21، شماره 2 ، تیر 1398، ، صفحه 165-180
چکیده
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانشها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهمبندی رونوشتها ...
بیشتر
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانشها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهمبندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بینژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناساییشده در دو گروه بینژنی و اینترونی بهترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنادار بین دو گروه شد. بررسی جایگاههای ژنی lncRNAهای با تفاوت معنادار، نشان داد که این ژنها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژنهای GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها همسو با بیان lncRNAهای همجوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنادار داشتند. بررسی عملکردی این ژنها نشان داد که همگی در رشد عضله اسکلتی مؤثر هستند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد، lncRNAهای شناساییشده، احتمالاً پتانسیل تنظیم ژنهای درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و میتوانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهدهشده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.
زهره مزدوری؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 18، شماره 1 ، فروردین 1395، ، صفحه 13-26
چکیده
این تحقیق بهمنظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی بیان ژنهای مربوط به تعادل منفی انرژی انجام شد. ژنهای با بیان بالا در تعادل منفی انرژی با استفاده از دادههای ریزآرایه و RNA-seq شناسایی و توالیهای پروموتری آنها برای شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در ارتباط با این مراحل تجزیه و تحلیل شدند. افزون بر این، از پایگاه اطلاعاتی STRING برای ...
بیشتر
این تحقیق بهمنظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی بیان ژنهای مربوط به تعادل منفی انرژی انجام شد. ژنهای با بیان بالا در تعادل منفی انرژی با استفاده از دادههای ریزآرایه و RNA-seq شناسایی و توالیهای پروموتری آنها برای شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در ارتباط با این مراحل تجزیه و تحلیل شدند. افزون بر این، از پایگاه اطلاعاتی STRING برای ترسیم شبکۀ ژنی مرتبط با فاکتورهای رونویسی شناساییشده در تعادل منفی انرژی استفاده شد. نتایج تجزیه و تحلیل بیان ژنها نشان داد که هشت ژن بیان بالا و معنادار در مقایسه تعادل منفی انرژی شدید نسبت به خفیف دارند (05/0< P). درنتیجۀ تجزیه و تحلیل پروموتری این ژنها، 19 فاکتور رونویسی شناسایی شد. این مجموعه مشتمل بر یک فاکتور رونویسی (NF-κB) با نقش تأییدشده در تعادل منفی انرژی و فاکتورهای رونویسی جدید همچون SP1، ZBP89، NFI، Zf9، MYC، ZBTB7A، FOXF2، و KLF6، که نقش تنظیمی آنها در تعادل منفی انرژی گزارش نشده، است. براساس نتایج، 18 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفیشده در این مطالعه میتوانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکۀ تنظیمی مؤثر در تعادل منفی انرژی فراهم کنند.