حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ محمد شمس الهی
دوره 25، شماره 2 ، تیر 1402، ، صفحه 133-143
چکیده
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA ...
بیشتر
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرمافزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کم‌ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش‌ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش‌ترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کم‌ترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوسوری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. هم‌چنین بیش‌ترین و کم‌ترین تعداد ROH به‌ترتیب روی کروموزومهای دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسلهای حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیش‌ترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کم‌ترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری به‌ترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 بهدست آمد. هم‌چنین Ne اکثر جمعیتهای موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی‌نمودن تولید و طراحی برنامههای مناسب جفت‌گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری است.
سیاوش منظوری؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ مهدی کاظمی بن چناری
دوره 24، شماره 3 ، مهر 1401، ، صفحه 259-270
چکیده
هدف این پژوهش مقایسه کارایی و عملکرد روش پیشرفته شبکه عصبی مصنوعی نسبت به تجزیه مؤلفههای اصلی در تفکیک نژادهای مختلف اسب بود. بنابراین، برای شناسایی یک زیرمجموعه از نشانگرهای SNP با بالاترین قدرت تفکیک نژادی و بررسی نحوه اختصاص حیوانات به گروههای نژادی خود از دو روش شبکه عصبی پرسپترون (الدن) و روش کلاسیک تجزیه مؤلفههای اصلی ...
بیشتر
هدف این پژوهش مقایسه کارایی و عملکرد روش پیشرفته شبکه عصبی مصنوعی نسبت به تجزیه مؤلفههای اصلی در تفکیک نژادهای مختلف اسب بود. بنابراین، برای شناسایی یک زیرمجموعه از نشانگرهای SNP با بالاترین قدرت تفکیک نژادی و بررسی نحوه اختصاص حیوانات به گروههای نژادی خود از دو روش شبکه عصبی پرسپترون (الدن) و روش کلاسیک تجزیه مؤلفههای اصلی (PCA) استفاده شد. نتایج حاصل نشان داد روش شبکه عصبی (الدن) قادر است که 37 نژاد اسب موردمطالعه در این پژوهش کنونی را، با زیرمجموعه کوچکی از نشانگرهای SNP (8000 نشانگر) و با قدرت تفکیک مشابه با تمام نشانگرهای ژنوم (صحت 98 درصدی)، از همدیگر مجزا و تفکیک کند. روش انتخاب PCA تنها توانست نژادهایی که دارای خاستگاههای متفاوت بودند را شناسایی و تفکیک کند. با توجه به نتایج بهدستآمده، روش PCA دارای خطا و ایراد بوده و برای اجرا روی دادههای ژنومی نیاز به تغییرات و اصلاحات دارد. نتایج این پژوهش، رویکردهای عملی را در طراحی آرایههای اقتصادی در تفکیک نژادهای مختلف اسب ارائه میدهد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
دوره 24، شماره 2 ، تیر 1401، ، صفحه 117-126
چکیده
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای ...
بیشتر
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای خانواده BLUPF90 انجام شد. نتایج براساس مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی کنترل‌شده در قالب پنجرههای بهطور میانگین 1/5 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شد. پنجرههایی که بیش از یک درصد واریانس را کنترل میکردند به‌عنوان مناطق ژنومی مؤثر و برای یافتن ژنهای کاندیدا استفاده شدند. تعداد 13 پنجره ژنومی معنیدار روی هشت کروموزوم، 23 درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای SMYD1، ADGRG6وCFL2بودند. بیش‌ترین واریانس مربوط به پنجرهای روی کروموزوم شماره دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژنهای کاندیدای ACSL1،PPA2 ، FGF2 و RBL2مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجرهها 38 درصد واریانس ژنتیکی را کنترل میکردند و مهمترین پنجره روی کروموزوم شماره چهار بود. هم‌چنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 23/7درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای ATRNL1و PTPN4بود. نتایج نشان داد چهار منطقه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. باتوجه به شناسایی مناطق ژنومی جدیدونقش کلیدی ژنهای ذکرشده مرتبط با مصرف خوراک میتوان کارایی روش تکمرحلهای برای پویش ژنومی صفات بازده مصرف خوراک را تأییدکرد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ ابوذر نجفی
دوره 23، شماره 4 ، دی 1400، ، صفحه 481-490
چکیده
درک کنترل ژنتیکی خلق‌وخوی به‌عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق‌وخوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو ...
بیشتر
درک کنترل ژنتیکی خلق‌وخوی به‌عنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلق‌وخوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن و رکوردهای فنوتیپی شامل سرعت خروج، امتیاز پن و امتیاز خلق‌وخوی استفاده شد. ارزیابی پویش کامل ژنوم با PLINK نسخه 1/90 انجام شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی بهوسیله بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در نهایت تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاههای برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای بیوشیمیایی و )ژنهای کاندیدای( neurotransmitter secretion (NRXN3 و CACNG3)،Cycle Dopamine Neurotransmitter Release (PPFIA2)، regulation of neuron projection development (GRID2)، neuron projection (SLC8A1 و KCNQ2)، Axonal growth inhibition (RTN4R)، Neurotrophin signaling pathway (MAP2K2، MAP3K5 و PSEN1) و Focal adhesion (TLN2) مرتبط با سرعت خروج شناسایی شدند. ژنهای کاندیدای شناسایی‌شده نقش مهمی در تفرق و تمایز سیناپسها، انتقال‌دهندههای عصبی، بیماریهای عصبی و اختلال روانی، استرسهای اکسیداتیو و محیطی، گیرندههای هورمونی و هموستازی گلوکز داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی حیوانات با تولید بالاتر از طریق دامهای آرام مفید باشد.