تولیدات دامی

شماره جاری

بر اساس شماره‌های نشریه

بر اساس نویسندگان

بر اساس موضوعات

نمایه نویسندگان

نمایه کلیدواژه ها

درباره نشریه

اهداف و چشم انداز

اعضای هیات تحریریه

اصول اخلاقی انتشار مقاله

بانک ها و نمایه نامه ها

پیوندهای مفید

پرسش‌های متداول

فرایند پذیرش مقالات

اطلاعات آماری نشریه

اخبار و اعلانات

مقایسه پروفایل تنوع CNV در ژنوم گوسفند با گاو هلشتاین

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسنده

عضو هیات علمی

چکیده

هدف از این پژوهش مقایسه CNV در تعدادی از نژاد­های گوسفند ایتالیا با گاو هلشتاین بود. از 580 راس گاو نر هلشتاین و 360 راس گوسفند نمونه خون تهیه و  DNAآن استخراج شد. ژنوتیپ چند شکلی­های تک نوکلئوتیدی سراسر ژنوم با تراشه 50k گاوی و گوسفندی در هر دو گونه تعیین شد. با استفاده از نرم افزار PennCNV تعداد 904 تنوع با میانگین طول kb 7/154 و میانه kb 7/103 در گوسفند و 744 مورد با میانگین طول kb 7/213 و میانه kb 5/124 در گاو شناسایی شد. کل طول این تنوع در ژنوم گوسفند Mb 5/8 و در ژنوم گاو Mb 80 بود. پس از ترکیب نواحی مشابه تعداد 35 ناحیه تنوع پر تکرار در ژنوم گوسفند و 141 مورد در ژنوم گاو شناسایی شد، فقط 20 درصد نواحی CNV در ژنوم نژاد­های گوسفند با ژنوم گاو هلشتاین همپوشانی داشت. علاوه بر این، نواحی این تنوع در ژنوم گوسفند با 40 ژن مرجع و 62 QTLدر ژنوم گاو، و 110 ژن مرجع در ژنوم انسان بطور کامل یا جزئی همپوشانی داشت. توزیع تنوع­ها در هر دو گونه در نواحی ساب­تلومریک و پری سانترومریک بیشتر بود. بر اساس این نتایج، شاید بتوان از روی پیوستگی این تنوع با نواحی ژنی در ژنوم گاو ژن­ها و QTL­های ژنوم گوسفند را شناسایی نمود. برای کسب نتایج دقیق­تر مطالعات بیشتری نیاز است.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Comparison of copy number variation profile in sheep with Holstein breed

نویسنده [English]

  • Maryam Nosrati

چکیده [English]

The aim of this study was to compare copy number variation (CNV) in some Italian sheep breeds with Holstein cows. Blood samples were collected form 580 Holstein bulls and 360 different Italian sheep breeds and then DNA was extracted. The SNPs genotypes across the genome were determined by ovine and bovine 50K BeadChip in both species. By PennCNV, the 904 CNV with mean and median size of 154.7 kb and 103.7 kb in sheep and 744 CNV with mean and median of 213.7 kb and 124.5 kb in Holstein were detected, respectively. A total length of this variation were 8.5 Mb in sheep and was 80 Mb in cattle. After merging similar regions, the 35 and 141 non- unique copy number variation regions (CNVR) were detected in sheep and cows, respectively which 20% of sheep’s CNVRs overlapped with cattle’s CNVRs. In addition to, these regions in Sheep genome were partially or completely overlapped with 40 RefGen & 62 QTL in cattle and 110 RefGen in Human. CNVRs distribution in both species was more in subtelomeric and pericentromeric regions. According to these results, it could be possible to use bovine CNVRs which were closely linked to genes for characterizing functional genes and QTLs in sheep, however more studies are need in this regards.

کلیدواژه‌ها [English]

  • CNV
  • Comparative genome profile
  • Genome variation
  • Holstein cows
  • sheep
مراجع
  1. نصرتی م، طهمورث پور م، فونتانزی ل و نصیری م ر (1395) بررسی فاز عدم تعادل لینکاژی بر روی کرمووزوم شماره 6 گاو­‌های نژاد هلشتاین. بیوتکنولوژی کشاورزی کرمان. . 98-83:(2) 8
  1. 2. Bae JS, Cheong HS, Kim LH, NamGung S, Park TJ, Chun JY, et al. (2010) Identification of copy number variations and common deletion polymorphisms in cattle. BMC Genomics
    11: 232.
  2. 3. Bohmanova J, Sargolzaei M, and Schenkel FS (2010) Characteristics of linkage disequilibrium in North American Holsteins. BMC Genomics 11.421.
  3. 4. Crawford AM, Dodds KG, Ede AJ, Pierson CA, Montgomery GW,Garmonsway HG, Beattie AE, Davies K, Maddox JF, Kappes SW, et al. (1995) An autosomal genetic linkage map of the sheep genome. Genetics 140:703-724.
  4. 5. Dalrymple BP, Kirkness EF, Nefedov M, McWilliam S, Ratnakumar A, Barris W, Zhao S, Shetty J, Maddox JF, O’Grady M, Nicholas F, Crawford AM, Smith T, de Jong PJ, McEwan J, Oddy VH, Cockett NE (2007) Using comparative genomics to reorder the human genome sequence into a virtual sheep genome. Genome Biology 8 R152.
  5. 6. Fadista J, Thomsen B, Holm L, and Bendixen C (2010) Copy number variation in the bovine genome. BMC Genomics 11:284.
  6. 7. Fontanesi L, Beretti F, Martelli PL, Colombo M, Dall'Olio S, Occidente M, Portolano B, Casadio R, Matassino D, and RussoV, (2011) A first comparative map of copy number variations in the sheep genome. Genomics 97: 158-165.
  7. 8. Fontanesi L, Martelli PL, Beretti F, Riggio V, Dall'Olio S, Colombo M, Casadio R, Russo V and Portolano B (2010) An initial comparative map of copy number variations in the goat (Capra hircus) genome. BMC genomics 11: 639.
  8. 9. Hastings PJ, Lupski JR, Rosenberg SM, and Ira G (2009) Mechanisms of change in gene copy number. Nature Reviews Genetics 10(8): 551–564.
  9. 10. Hou Y, Bickhart DM, Hvinden ML, Li C, Song J, Boichard AD, Fritz S, Eggen A, DeNise S, Wiggans GR, Sonstegard TS, Van Tassell CP, and Liu, GE (2012) Fine mapping of copy number variations on two cattle genome assemblies using high density SNP array. BMC Genomics 13: 1471-2164.
  10. 11. Hou Y, Liu GE, Bickhart DM, Cardone MF, Wang K, Kim ES, Matukumalli LK, Ventura M, Song J, Vanradan PM, Sonstegard TS, and Van Tassell CP. (2011) Genomic characteristics of cattle copy number variations. BMC genomics 12:127.
  11. 12. Ihara N, Takasuga A, Mizoshita K et al. (2002) Mapping of over 1100 bovine polymorphic microsatellite markers to the USDA-MARC cattle linkage map. Proceeding International Society of Animal Genetics, D-160.
  12. 13. Kijas JW, Barendse W, Barris W, Harrison B, McCulloch R, McWilliam S,and Whan V (2011) Analysis of copy number variants in the cattle genome. Gene 482: 73–77.
  13. 14. Kijas JW, Menzies M, Ingham A (2006) Sequence diversity and rates of molecular evolution between sheep and cattle genes. Animal Genetic 37, 171–174.
  14. 15. Li X, Tan L, Liu X, Lei S, Yang T, Chen X, Zhang F, Fang Y, Guo Y, Zhang L, Yan H, Pan F, Zhang Z, Peng Y, Zhou Q, He L, Zhu L, Cheng J, Zhang L and Liu L (2010) A genome wide association study between copy number variation (CNV) and human height in Chinese population. Journal of Genetic & Genomics 37: 779-785.
  15. 16. Lin X, Luo J, Zhang L, Wang W, Gou D (2013) MiR-103 Controls Milk Fat Accumulation in Goat (Capra hircus) Mammary Gland during Lactation. PLoS ONE 8(11): e79258. doi: 10.1371/journal.pone.0079258.
  16. 17. Liu GE, Hou Y, Zhu B, Cardone MF, Jiang J, et el. (2010) Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds. Genome Research Journal 20: 693-703.
  17. 18. Liu GE, Van Tassel CP, Sonstegard TS, Li RW, Alexander LJ, Keele JW, Matukumalli LK, Smith TP, and Gasbarre LC (2008) Detection of germ line and somatic copy number variations in cattle. Journal of Development Biology 132: 231-237.
  18. 19. Liu J, Zhang L, Xu L, Ren H, Lu J, Zhang X, Zhang S, Zhou S, Wei C, Zhao F, and Du L (2013) Analysis of copy number variations in the sheep genome using 50K SNP BeadChip array. BMC Genomics 14:229.
  19. 20. Mills RE, Walter K, Stewart C, Handsaker RE et al. (2011) Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing. Nature 470: 59-65.
  20. 21. Miziara MN, Riggs PK, Amaral ME (2004) Comparative analysis of noncoding sequences of orthologous bovine and human gene pairs. Genetic Molecular Research 3, 465–473.
  21. 22. Redon R, Ishikawa S, Fitch KR, Feuk L, Perry GH, Andrews TD, Fiegler H, Shapero MH. Carson AR, Chen W et al (2006) Global variation incopy number in the human genome. Nature 444: 444-454.
  22. 23. Taberlet P, Valentini A, Rezaei HR, Naderi S, Pompanon F, Negrini R, Ajmone-Marsan P (2008) Are cattle, sheep, and goats’ endangered species? Molecular Ecology 17(1):275-84.
  23. 24. Zhang Z, Xu F, Zhang Y, Li W, Yin Y, Zhu C, Du L, Elsayed AK, Li B, (2014) Cloning and expression of MyoG gene from Hu sheep and identification of its myogenic specificity. Molecular Biology Report.41(2):1003-13.
تولیدات دامی
دوره 19، شماره 1
اردیبهشت 1396
صفحه 47-58
فایل ها
هم رسانی
ارجاع به این مقاله
آمار