حسین محمدی؛ امیر حسین خلت‌آبادی فراهانی؛ مهدیه مهدی‌پور
چکیده
هدف: شناسایی نشانههای انتخاب میتواند دیدگاههای ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجههای گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با ...
بیشتر
هدف: شناسایی نشانههای انتخاب میتواند دیدگاههای ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجههای گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با افزایش ذخیره چربی بدن، باعث کاهش کیفیت گوشت شده است که متخصصین اصلاح نژاد طیور را با چالشهای جدیدی مواجه کرده است. هدف پژوهش حاضر شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با ذخیره چربی بدن در سن هفت هفتگی جوجههای گوشتی با استفاده از روش آماری مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی بود.
روش پژوهش: بدین منظور تعداد 475 قطعه پرنده دو لاین جوجه گوشتی کشور چین در نسل یازدهم که به‌صورت واگرا هدف انتخاب بودند، با استفاده از یک تراشه 60K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده گردید. در مرحله اول شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی توسط آزمون XP-EHH که مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی است بهوسیله نرم‌افزار Selscan (نسخه 0/2) مورد استفاده قرار گرفت. برای تعیین مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با صفت ذخیره چربی بدن یک درصد ارزش بالایی آماره XP-EHH به‌صورت پنجره‌های ژنومی 10 نشانگری انتخاب شدند. در نهایت جهت شناسایی ژنهای کاندیدای مرتبط با صفت مورد پژوهش و نقش عملکردی آنها به‌ترتیب از برنامه BioMart و DAVID استفاده شد. همچنین برای بررسی وجود QTLهای مرتبط با صفت ذخیره چربی در مناطق ژنومی شناسایی‌شده از آخرین نسخه منتشرشده پایگاه برخطAnimal genome استفاده شد.
یافته‌ها: بررسی ژنهای گزارش‌شده در مناطق کاندیدا نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژنهای STAB2، TAPT1، JDP2، FNDC3B، PTPN11، ADIPOR1 و SLC44A3 قرار داشتند. بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد، ژنهای موجود در این مناطق با متابولیسم لیپید، انتقال اسیدهای چرب، گیرندههای لیپوپروتئین، متابولیسم و هومئوستازی گلوکز مرتبط بودند. با بررسی مناطق ژنومی کاندیدا در پایگاهAnimal genome ، QTLهای مرتبط با وزن چربی محوطه بطنی و وزن چربی لاشه گزارش شده بود.
نتیجه‌گیری کلی: به‌طور کلی ژنهای متعددی که در نواحی ژنومی شناسایی‌شده براساس عملکرد میتوانند به‌عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال، بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی به‌دست‌آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این پژوهش میتواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل‌کننده صفت ذخیره چربی بدن با هدف افزایش وزن همراه با کاهش ذخیره چربی بدنی در طی دوره پرورش جوجه گوشتی مورداستفاده قرار گیرد.
علی جوانروح علی آباد؛ رسول واعظ ترشیزی؛ علی اکبر مسعودی؛ علیرضا احسانی
چکیده
در این تحقیق به منظور شناسایی جایگاه‌ها و ژنهای مرتبط با صفات کیفیت گوشت، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم مرغ (SNP Beadchip (Illumnia 60k Chicken در یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی دوطرفه مرغ بومی آذربایجان غربی و لاین B سویه گوشتی آرین انجام شد. برای هر پرنده، صفات شامل: ظرفیت نگهداری آب، رنگ گوشت (روشنایی ، قرمزی و زردی)، میزان نیروی ...
بیشتر
در این تحقیق به منظور شناسایی جایگاه‌ها و ژنهای مرتبط با صفات کیفیت گوشت، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم مرغ (SNP Beadchip (Illumnia 60k Chicken در یک جمعیت F2 حاصل از تلاقی دوطرفه مرغ بومی آذربایجان غربی و لاین B سویه گوشتی آرین انجام شد. برای هر پرنده، صفات شامل: ظرفیت نگهداری آب، رنگ گوشت (روشنایی ، قرمزی و زردی)، میزان نیروی برشی و PH نهایی گوشت اندازهگیری شد. با استفاده از دو مدل خطی معمول (GLM) و مدل خطی مختلط فشرده (Compressed MLM) ارتباط هر یک SNPها با صفات کیفیت گوشت بررسی شد. در مجموع تعداد 36 نشانگر SNP در سطح احتمال پیشنهادی و معنیداری برای صفات کیفیت گوشت شناسایی شد که تعداد 3 نشانگر SNP با روش Compressed MLM برای صفت فاکتور زردی گوشت و تعداد 18 نشانگر SNP با روش GLM برای صفات فاکتور زردی گوشت، pH نهایی گوشت، ظرفیت نگهداری آب و میزان نیروی برشی معنیدار شدند. ژنهای کاندیدای شناسایی‌شده، عملکرد مولکولی مرتبط با صفات کیفیت گوشت داشتند و لذا میتوان از این ژنهای کاندیدا در برنامههای اصلاحی طیور مورد استفاده قرارداد.
افروز کمالی سنگانی؛ علی اکبر مسعودی؛ رسول واعظ ترشیزی؛ مرتضی شریفی نیا؛ علیرضا عیوضی؛ مجید فرهی؛ بهزاد رجبی مرند
چکیده
کاهش باروری خروس یکی از اولین عوامل محدودکننده دستیابی به بیشترین میزان جوجه‌درآوری است. هدف از تحقیق حاضر، بررسی سطح باروری خروسهای بومی ارومیه و لاین آرین با استفاده از رقیق کننده منی (بلتسویل و شیر) بود. برای اجرای این تحقیق، تحرک منی 133 قطعه خروس با استفاده از نرم‌افزار CASA بررسی شد و خرو‌س‌ها بر اساس میانگین حرکت اسپرم ...
بیشتر
کاهش باروری خروس یکی از اولین عوامل محدودکننده دستیابی به بیشترین میزان جوجه‌درآوری است. هدف از تحقیق حاضر، بررسی سطح باروری خروسهای بومی ارومیه و لاین آرین با استفاده از رقیق کننده منی (بلتسویل و شیر) بود. برای اجرای این تحقیق، تحرک منی 133 قطعه خروس با استفاده از نرم‌افزار CASA بررسی شد و خرو‌س‌ها بر اساس میانگین حرکت اسپرم آنها نسبت به میانگین جمعیت، به گروه‌های با باروری زیاد و کم دسته بندی شدند. اسپرم خروسهای هر سویه، هر هفته به شش مرغ تلقیح و نطفه‌داری و جوجه‌درآوری تخمها بررسی شدند. تفاوت معنیداری در حجم منی هر سویه وجود داشت (05/0>P). تفاوت معنیداری در غلظت اسپرم خروسهای دو سویه و سطوح مختلف باروری مشاهده نشد. خروسهای بومی با سطح باروری زیاد بیشترین درصد اسپرمهای زنده را داشتند (05/0>P). نطفه‌داری و جوجه‌درآوری خروسهای آرین در مقایسه با بومی بالاتر بود (05/0>P). همچنین نطفه‌داری و جوجه‌درآوری با استفاده از رقیق کنندة بلتسویل بالاتر از شیر بود (05/0>P). با توجه به نتایج حاصل، اگرچه انتخاب در لاین آرین بسیاری از صفات تولیدی را افزایش داده ولی تأثیر منفی بر باروری نداشته است. از طرفی تلقیح مرغها با استفاده از اسپرمهای رقیق شده با بلتسویل بازدة مناسب‌تری در درصد باروری پرندگان نشان میدهد که میتواند در مزارع پرورش طیور بکار رود.
ثنا فرهادی؛ علی اکبر مسعودی؛ رسول واعظ ترشیزی
چکیده
در این مطالعه، ساختار ژن TLR4 به‌عنوان گیرندۀ اصلی در شناسایی لیپوپلیساکارید باکتریهای گرم منفی در دو سویه از طیور تجاری لاین آرین و بومی آذربایجان غربی بررسی و بیان آن در برخی از اندامهای اصلی مطالعه شد. از ۱۲۰ قطعه پرنده خونگیری و DNA کل آنها استخراج شد. با طراحی چهار جفت آغازگر اختصاصی، کل ژن TLR4 در چهار قطعه از پرندگان هر ...
بیشتر
در این مطالعه، ساختار ژن TLR4 به‌عنوان گیرندۀ اصلی در شناسایی لیپوپلیساکارید باکتریهای گرم منفی در دو سویه از طیور تجاری لاین آرین و بومی آذربایجان غربی بررسی و بیان آن در برخی از اندامهای اصلی مطالعه شد. از ۱۲۰ قطعه پرنده خونگیری و DNA کل آنها استخراج شد. با طراحی چهار جفت آغازگر اختصاصی، کل ژن TLR4 در چهار قطعه از پرندگان هر سویه توالییابی شد. تأثیرات تغییرات اسیدآمینهای بر عملکرد پروتئین با نرم‌افزار PANTHER بررسی شد. بررسی بیان ژن با روش RT-PCR نیمه‌کمّی پس از استخراج RNA از بافتهای کبد، طحال، و ریه انجام گرفت و سپس تصاویر حاصل از الکتروفورز با نرم‌افزارImage J پردازش و دادههای حاصل از آن با نرم‌افزار آماری MINITAB تجزیه شد. نتایج تحقیق حاضر، سه SNP جدید (T1147C، A1832G، و C2246A) را نشان داد. بررسیهای عملکرد پروتئینی نشان داد که همۀ این تغییرات تکنوکلئوتیدی در پروتئین مزبور اختلال ایجاد میکنند. بیان ژن TLR4 در سویۀ آرین مقادیر بالاتری را در مقایسه با سویۀ بومی نشان داد ولی دو سویه تفاوت معنیداری با هم نداشتند. باتوجه به اهمیت بالای این ژن در سیستم ایمنی ذاتی و مشخص‌شدن تغییرات نوکلئوتیدی جدید مؤثر بر ساختار پروتئین حاصل، این ژن میتواند به‌عنوان کاندیدی مرتبط با مقاومت ژنتیکی در جمعیت پرندگان مدنظر قرار بگیرد.