سیاوش منظوری؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
دوره 25، شماره 1 ، فروردین 1402، ، صفحه 1-11
چکیده
مطالعه حاضر به‌منظور انتخاب نشانگرهای مؤثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روش‌های انتخاب نشانگر با داده‌های 304 حیوان از 14 نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان ...
بیشتر
مطالعه حاضر به‌منظور انتخاب نشانگرهای مؤثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روش‌های انتخاب نشانگر با داده‌های 304 حیوان از 14 نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان شاخصی برای انتخاب نشانگرها در کاهش اندازه پنل‌های نشانگری کاربرد دارد. برای تخمین محتوای اطلاعاتی هر نشانگر، از آماره Fst رایت، آماره θ، آماره دلتا، آماره D، آماره Gst، آماره G'st، آماره G"st و آنالیز مؤلفه های اصلی استفاده گردید. در این مطالعه، از آماره لگاریتم نسبت درستنمایی برای انتخاب نشانگرها استفاده شد. با توجه به نتایج، همه روش‌های انتخاب برای شناسایی نشانگرها دارای رفتار و عملکرد مشابهی بودند. تعداد نشانگرهای مشترک بین روش‌ها حداقل 42 نشانگر و حداکثر 499 نشانگر SNP بود. به طور کلی، روش آماره Fst نیازمند تعداد کمتری از نشانگرها برای رسیدن به انتساب موفق بود. آماره‌های G'st و G"st با بیش از 350 نشانگر برای دستیابی به 95% انتساب صحیح، عملکرد ضعیفی را نشان دادند. لازم به ذکر است که تنها با 60 نشانگر برتر، دستیابی به موفقیت بیش از 70 درصد امکان پذیر است. با توجه به نتایج، Fst جفتی رایت از سایر روش‌های انتخاب SNP دارای عملکرد بهتری بود. نتایج حاصله منجر به ایجاد پنل‌های انحصاری جهت شناسایی نژادهای متنوع می‌گردد که دارای اهمیت اقتصادی زیادی است.
امیرحسین خلت آبادی فراهانی؛ حسین محمدی؛ محمد حسین مرادی
دوره 22، شماره 3 ، مهر 1399، ، صفحه 325-335
چکیده
هدف از این پژوهش، بررسی صفت تعداد نتاج در هر زایش میش بهعنوان یک صفت تولیدمثلی مهم بود. به این منظور از رکوردهای فنوتیپی هفت نژاد گوسفند وادی، هوی، ایسلندی، فینشیپ و رومانوف با باروری بالا و نژادهای تکسل و راهمنی با باروری پایین، برای مطالعه پویش ژنومی بر پایه آنالیز غنیسازی به‌منظور شناسایی مکانیسمهای زیستی استفاده ...
بیشتر
هدف از این پژوهش، بررسی صفت تعداد نتاج در هر زایش میش بهعنوان یک صفت تولیدمثلی مهم بود. به این منظور از رکوردهای فنوتیپی هفت نژاد گوسفند وادی، هوی، ایسلندی، فینشیپ و رومانوف با باروری بالا و نژادهای تکسل و راهمنی با باروری پایین، برای مطالعه پویش ژنومی بر پایه آنالیز غنیسازی به‌منظور شناسایی مکانیسمهای زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنومی در بسته GenABEL برنامه R انجام شد. آنالیز غنیسازی مجموعه ژنی با بسته نرم‌افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای BMP5، DHCR24، BMPR1B، ESR1، ESR2 و PLCB1 در نژادهای وادی و رومانوف، ژنهای SMAD1، SMAD2، INSR و PTGS2 در نژادهای فینشیپ و هوی، ژنهای BMP7، NCOA1 و ERBB4 در گوسفند ایسلند، ژنهای BMP4، MSRB3 و SPP1 در نژاد تکسل، و ژنهای BMP7، EGFR و KCNMA1 در نژاد راهمنی با تعداد نتاج متولدشده مرتبط بودند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 30 مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده، مسیرهای TGF-β signaling pathway،Oxytocin signaling pathway ، Estrogen signaling pathway، Prolactin signaling pathway وInsulin signaling pathway نقش مهمی در نرخ تخمکریزی و چند قلوزایی داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق تعداد نتاج بیشتر در هر زایش مفید باشد.