بهروز محمدنظری؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی
دوره 22، شماره 4 ، دی 1399، ، صفحه 515-527
چکیده
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه بهترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سالهای 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز ...
بیشتر
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه بهترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سالهای 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، بهعنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی میشود. تغییرات وراثتپذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدلهایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل میشود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.
رستم عبداللهی آرپناهی؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک
دوره 15، شماره 1 ، تیر 1392، ، صفحه 65-77
چکیده
هدف از انجام تحقیق حاضر، مقایسۀ روشهای گوناگون آماری در پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت ازنظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاههای صفت کمّی (QTLs) بااستفاده از شبیهسازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تکنوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتیمورگان ...
بیشتر
هدف از انجام تحقیق حاضر، مقایسۀ روشهای گوناگون آماری در پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت ازنظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاههای صفت کمّی (QTLs) بااستفاده از شبیهسازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تکنوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتیمورگان شبیهسازی، و توزیعهای متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما) و نیز سه تعداد QTL (50، 100 و 200) بهصورت فرضیههای شبیهسازی صفت روی آن درنظر گرفته شد. بدین ترتیب نه صفت با معماری ژنتیکی متفاوت ایجاد شد. بهمنظور پیشبینی ارزشهای اصلاحی افراد موجود در جمعیتهای مرجع و تأیید، از شش روش بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنومیک[1] (GBLUP)، رگرسیون ریدج[2] (RRBLUP)، بیز A (BayesA)، بیز B (BayesB)، بیز Cπ (BayesCπ)، و بیز L (BayesL) استفاده گردید. با افزایش فاصلۀ بین نسل مرجع و نسل تأیید ناشی از برهمخوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک در تمام روشها کاهش معنیداری نشان داد (05/0P<). همچنین زمانیکه توزیع تأثیر ژنی گاما بود روشهای بیزی در مقایسه با روش GBLUP و RRBLUP برتری آشکاری نشان دادند. هنگامیکه توزیع تأثیرات ژنی نرمال بود، بیشترین صحت ارزشهای اصلاحی بهدست آمد. با افزایش تعداد QTLها بهسمت 200، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک کاهش یافت. نتایج این تحقیق نشان داد که درمجموع روشهای بیزی و GBLUP ازنظر صحت ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده در مقایسه با روش RRBLUP عملکرد بهتری دارند. نتایج تحقیق حاضر نشان میدهد هنگامیکه معماری صفات بررسیشده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی نکند، معمولاً روشهای بیزی بر روشهای GBLUP و RRBLUP ارجحیت دارند. 1. Genomic-Best Linear Unbiased Prediction 2. Ridge Regression