تولیدات دامی

چکیده مقدمه: زنبورعسل علاوه بر ایفای نقشی مهم در گرده‌افشانی بسیاری از گیاهان زراعی، باغی و مرتعی با تولید عسل و دیگر فرآورده­های آن، نقش مهمی در ارتقای امنیت غذایی و معیشت خانوارهای روستایی ایران دارد. عوامل زیستی (مانند نژاد) و مدیریتی (از جمله شیوه مدیریت ایستا یا کوچ‌رو) تأثیر قابل‌توجهی بر بهره‌وری و کارایی اقتصادی زنبورداری دارند. با وجود این، مقایسه عملکرد نژادهای متداول در کشور در دو نظام مدیریتی متفاوت (ایستا یا کوچ‌رو) کم‌تر موردتوجه قرار گرفته است.
هدف: هدف این مطالعه، ارزیابی عملکرد تولیدی و اقتصادی سه نژاد رایج زنبورعسل (بومی، کارنیکا، لیگوستیکا) تحت دو نظام مدیریتی ایستا و کوچ‌رو در ایران است.
روش پژوهش: این پژوهش به‌صورت میدانی و با استفاده از ابزار پرسشنامه در فصل‌های‌ پاییز و زمستان ۱۴۰۳ انجام شد و اطلاعات ۵۹۵ زنبوردار جمع‌آوری گردید. پس از پالایش داده‌ها، ۲۴۹ زنبورستان دارای نژاد خالص زنبور انتخاب شدند. متغیرهایی از قبیل عملکرد عسل، مصرف خوراک، تلفات زمستانی، هزینه کارگری، جابه‌جایی، تعویض ملکه، درآمد حاصل از عسل و فرآورده‌های جانبی به‌ازای هر کلنی در سال استخراج شدند. در نهایت سود و نسبت درآمد به هزینه به‌ازای هر کلنی به‌دست آمد. تجزیه و تحلیل‌های آماری داده­ها با استفاده از رویه Mixed انجام شد و ضرایب همبستگی بین برخی از متغیرها برآورد شد و مقایسه میانگین­ها با روش Tukey-Kramer و مواردی با روش‌های مبتنی بر شبیه‌سازی انجام شد.
یافته­‌ها: نتایج نشان داد نژاد ملکه تأثیر معنی‌داری بر عملکرد تولید عسل دارد (05/0>P)، به‌طوری‌که کلنی‌های دارای ملکه وارداتی عسل بیش‌تری نسبت به نژاد بومی تولید کردند. در بین نژادهای وارداتی تفاوت معنی‌داری از لحاظ عملکرد تولید عسل مشاهده نشد، اما در آنالیز اقتصادی در حالتی که عسل تنها محصول زنبورستان بود، نژاد کارنیکا نسبت درآمد به هزینه بالاتری را در برابر نژاد لیگوستیکا داشت. نوع مدیریت، ایستا یا کوچ، به‌تنهایی تأثیر معنی‌داری بر عملکرد عسل نداشت. از منظر اقتصادی، زنبورداران چندمحصولی نسبت به زنبورداران تک‌محصولی، سود خالص و نسبت درآمد به هزینه بالاتری کسب کردند. هم‌چنین زنبورداران کوچ­رو سود بیش‌تری را نسبت به سرمایه­گذاری انجام‌شده، در برابر زنبورداران ایستا به‌دست آوردند. بزرگ‌ترین مؤلفه‌های هزینه­ای، خوراک و دستمزد نیروی کار بود. این نتایج نشان می‌دهند که ارزیابی عملکرد کلنی‌ها به‌تنهایی برای تصمیم‌گیری کافی نیست و باید بازده اقتصادی نیز در نظر گرفته شود.
نتیجه‌گیری: استفاده از نژادهای اصلاح‌شده و تنوع‌محصول می‌تواند نقشی مؤثر در افزایش بهره‌وری و سودآوری زنبورداری ایران ایفا کند. اگرچه مدیریت کوچ‌رو به خودی خود باعث افزایش تولید عسل نمی‌شود، اما بر ساختار هزینه‌ها مؤثر است. نتایج این پژوهش می‌تواند راهنمای بهبود ساختار تولید، بهینه‌سازی مدیریت و توسعه بازار فرآورده‌های جانبی در زنبورداری کشور باشد.

چکیده هدف: متان یک گاز گلخانه‌ای قدرتمند است که پتانسیل گرمایش جهانی آن 2/27 برابر بیش‌تر از دی‌اکسیدکربن است. فرایند تخمیر در روده نشخوارکنندگان منجر به تولید گاز گلخانه‌ای قوی متان می‌شود. این پژوهش با هدف شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با انتشار متان در نسبت‌های اسیدهای چرب فرّار استات به پروپیونات و پروپیونات به بوتیرات در گاو هلشتاین با استفاده از روش پویش کل ژنومی انجام شد. روش پژوهش: نمونه‌های مو و مایع شکمبه (از طریق لوله مری) از 150 راس حیوان انتخاب‌شده براساس روش ارزش‌های اصلاحی صفت تولید شیر دوطرفه در یک گله پرورش گاو شیری صنعتی و مطابق با استانداردهای مربوطه نمونه‌گیری شد. بعد از اندازه‌گیری غلظت اسیدهای چرب فرّار مایع شکمبه، انتشار متان به‌ازای هر حیوان با استفاده از این اسیدها اندازه‌گیری شد. کارت مو 150 حیوان جهت ژنوتاپینگ برای شرکت GeneSeek در کشور آمریکا فرستاده شده بود و این نمونه‌ها با GGP-LD v4 SNP panel (حاوی SNPs30٬108) ژنوتایپ شده بودند. جهت کنترل کیفیت ژنوتایپینگ از نرم‌افزار PLINK 2.0 استفاده شده بود. کل SNPهای برآوردشده 29558 بود و بعد از کنترل کیفیت به تعداد 5723 از SNPها حذف شدند آنالیز GWAS برای شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با انتشار متان: جهت شناسایی عوامل ثابت مؤثر بر صفت انتشار متان درGWAS، داده‌ها با استفاده از تجزیه واریانس حداقل مربعات با استفاده از رویه (GLM= Generalized linear model) در نرم‌افزار SAS نسخه 1/9 مورد آنالیز قرار گرفتند (SASS, 2002). آنالیز ارتباط بین ژنوتیپ‌ها و صفت انتشار متان با استفاده از یک مدل خطی مختلط در نرم‌افزار (19) plink انجام شد. یافته‌ها: براساس، آنالیز تجزیه واریانس حداقل مربعات با استفاده از رویه GLM اثر بهاربند و سن حیوان برای صفت انتشار متان پیش‌بینی‌شده معنی‌دار بود (05/0P<). برای صفت‌های نسبت استات به پروپیونات و نسبت پروپیونات به بوتیرات به‌ترتیب پنج و دو اسنیپ معنی‌دار مشخص گردید که  SNPهای در ارتباط با صفت استات به پروپیونات در کروموزم‌های 3، 28 و SNPهای در ارتباط با صفت نسبت پروپیونات به بوتیرات در کروموزوم‌های 11 و 10 شناسایی گردید. با استفاده از Annotating، یکسری QTLهای مرتبط با انتشار متان، وزن بدن، دوره شیردهی و شیر تولیدی و ترکیب‌های آن اطراف بعضی از این SNPها نشان داده شد. نتیجه‌گیری: این نتایج نشان‌دهنده پتانسیل انتخاب ژنتیکی برای کاهش انتشار متان به‌ازای هر حیوان را نشان می‌دهد، به‌طوری‌که بهبود حاصل از انتخاب ژنتیکی به‌دلیل توارث‌پذیری، تجمعی و دائمی‌بودن بسیار مفید می‌باشد.

چکیده هدف: لپتین یک هورمون پپتیدی است که از بافت چربی ترشح شده و با مصرف خوراک، رشد و متابولیسم لیپیدها مرتبط است. هدف از پژوهشحاضر، بررسی چندشکلی جایگاه 271 جفت­بازی شامل کل اگزون2 و بخشی از اینترون 2 ژن لپتین در نژادهای گوسفند لری-­بختیاری و آمیخته­ زل-آتابای و ارتباط این جایگاه­ با صفات لاشه و تعیین ژنوتیپ­های مطلوب برای این صفات در گوسفندان موردمطاالعه بود. روش پژوهش: در مطالعه حاضر از 114 رأس گوسفند شامل 74 رأس بره لری-بختیاری از کشتارگاه صنعتی شهرستان فارسان و 40 رأس گوسفند آمیخته زل-آتابای در کشتارگاه صنعتی شهرستان گرگان خون‌گیری انجام شد. جداسازی DNA با روش بهینه یافته-نمکی انجام گرفت. واکنش زنجیره­ای پلیمزار جهت تکثیر قطعه 271 جفت بازی دربرگیرنده اگزون دوم و بخشی از اینترون دوم ژن لپتین انجام‌شده و با بررسی این قطعه با استفاده از روش تفاوت در شکل فضایی تک‌رشته­ای DNA (SSCP) نُه الگوی باندی مشاهده گردید. پس از توالی‌یابی الگوهای باندی مشاهده‌شده،‌ از مقایسه آن‌ها با توالی مرجع شش ژنوتیپ شناسایی گردد. به‌منظور بررسی ارتباط بین ژنوتیپ‌ها و صفات موردمطاالعه، اثر ژنوتیپ به‌عنوان یک متغیر مستقل در مدل‌ها آورده‌ شد. یافته‌ها: پس از توالی‌یابی، سه جهش در این بخش شناسایی گردید. جهش (A/G) 1416 که در نژادهای ایرانی مشاهده شده‌­است. جهش دیگر در بخش کدکننده بوده و یک باز سیتوزین وارد توالی گشته (+C 1328) که در نتیجه آن پروتئینی ناقص تولید می‌گردد. سومین جهش در اینترون دوم تبدیل باز تیمین به گوانین در نوکلئوتید 1566 ­بود. فراوانی­های آللی در گوسفندان لری-بختیاری و آمیخته آتابای-زل به‌ترتیب برای جهش اول (+C 1328) 552/0 و 788/0، برای جهش دوم (A/G 1416) 359/0 و 00/0 و برای جهش سوم (T/C 1566) 179/0 و 121/0 است. از مقایسه توالی­های حاصله با توالی­های پایگاه داده NCBI شش ژنوتیپ شناسایی گردید. ارزیابی­های انجام‌شده در این پژوهش نشان می‌دهد بین ژنوتیپ­های شناسایی‌شده در نژاد لری-بختیاری با صفات دور سینه، قد دام، دور بالا و میانی دنبه، عرض بالا و عرض میانی دنبه و میزان تری‌گلیسرید خون رابطه معنی‌داری وجود داشت. در آمیخته‌های زل-آتابای بین ژنوتیپ‌های شناسایی‌شده با صفات وزن لاشه و دور پایین دنبه رابطه معنی­دای دیده شد. نتیجه‌گیری: یافته‌ها نشان می‌دهد که چندشکلی‌های ژن لپتین در جایگاه ۲۷۱ جفت‌بازی، به‌ویژه جهش +C۱۳۲۸ و A/G 1416، می‌توانند به‌عنوان نشانگرهای مولکولی مؤثر در برنامه‌های اصلاح نژاد گوسفندان برای بهبود صفات لاشه (مانند افزایش وزن لاشه و بهبود توزیع چربی) مورداستفاده قرار گیرند. این نتایج اهمیت هدف‌گیری این ناحیه ژنی را در انتخاب دام‌های برتر برای تولیدمثل و مدیریت گله‌ها برجسته می‌سازد.

چکیده عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیش‌تر در گله‌های شیری شیوع داشته و به‌دلیل محدودیت‌های تجاری و مرگ‌ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می‌شود که هم‌چنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می‌باشد.  هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به‌طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از 150 راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری‌های صنعتی اصفهان، نمونه‌خون جمع‌آوری و از آن‌ها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه‌های DNA آماده‌شده با استفاده از تراشه‌های k30 (SNPchip30k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ‌شده براساس شاخص‌های فراوانی آلل نادر (05/0 PMAF <)، ژنوتیپ از دست‌رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO>) و تعادل هاردی-واینبرگ (6-10×1PH-W <) توسط نرم‌افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت 145 راس گاو (77 بیمار و 68 شاهد) و 22868 نشانگر برای ادامه آنالیز باقی‌ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی‌داری، شناخته شدند که بیش‌ترین نشانگرهای معنی‌دار در کروموزوم‌های 17 و 21 قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی‌دار با استفاده از پایگاه‌های برخط ensemble و genecards، ژن‌های مرتبط با نشانگرهای معنی‌دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم‌ترین آن‌ها GRK4، TP53BP1، ‌SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP2، PSTPIP1، CEP350، MR1، TOM1L2، SREBF1، COPS و TNFRS13B بود.

چکیده به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه به‌ترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این داده‌ها طی سال‌های 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، به‌عنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی می‌شود. تغییرات وراثت‌پذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدل‌هایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل می‌شود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.

چکیده هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی ژنتیکی صفات جفت‌ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز با مدل‌های استاندارد و یک‌طرفه براساس داده‌های‌ زایش اول 50230 راس گاو هلشتاین جمع‌آوری شده در سال‌های 1387 تا 1396 در 17 گله بزرگ گاو شیری، بود. داده‌‌ها با مدل دام گوسی - آستانه‌ای چهارصفتی با دو مدل استاندارد و یک‌طرفه‌ واکاوی شدند. در مدل‌ یکطرفه، آثار علَی بروز جفت‌ماندگی بر متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز، متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز و تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز در نظر گرفته شدند. اثرات علَی جفت‌ماندگی و متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی به ترتیب 0.19 و 0.09 سرویس، بر روزهای باز به ترتیب 4.74 و 5.38 روز و اثر علّی تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز 33 روز به دست آمدند. روابط علَی بین صفات به جز جفت‌ماندگی بر متریت و همبستگی های فنوتیپی و باقیمانده بین ناهنجاری‌‌ها و باروری تحت دو مدل از لحاظ آماری معنی‌دار بودند. میانگین‌های پسین وراثت‌پذیری جفت-ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای آبستنی و روزهای باز در مدل استاندارد به ترتیب 0.15، 0.17، 0.07 و 0.09 و در مدل یک‌طرفه به ترتیب 0.16، 0.17 ، 0.07 و 0.1 برآورد گردیدند که همه آنها از لحاظ آماری معنی‌دار بودند؛ ولی با یکدیگر اختلاف آماری معنی‌داری نداشتند. بنابراین، این مدل می تواند به عنوان جایگزین برای مدل استاندارد در ارزیابی ژنتیکی صفات تولیدمثلی زایش نخست گاوهای هلشتاین به کار رود.

چکیده این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNP‌ها در بلوک‌های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک‌های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوک‌های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به‌دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک‌های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک‌های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می‌گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک‌های هاپلوتیپی استفاده شود

چکیده هدف از انجام تحقیق حاضر، مقایسۀ روش‏های گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزش‏های اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاه‏های صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیه‏سازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیه‏سازی، و توزیع‏های متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما) و نیز سه تعداد QTL (50، 100 و 200) به‌صورت فرضیه‌های شبیه‏سازی صفت روی آن درنظر گرفته شد. بدین ترتیب نه صفت با معماری ژنتیکی متفاوت ایجاد شد. به‌منظور پیش‏بینی ارزش‏های اصلاحی افراد موجود در جمعیت‏های مرجع و تأیید، از شش روش بهترین پیش‏بینی نااریب خطی ژنومیک[1] (GBLUP)، رگرسیون ریدج[2] (RRBLUP)، بیز A (BayesA)، بیز B (BayesB)، بیز Cπ (BayesCπ)، و بیز L (BayesL) استفاده گردید. با افزایش فاصلۀ بین نسل مرجع و نسل تأیید ناشی از برهم‌خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزش‏های اصلاحی ژنومیک در تمام روش‏ها کاهش معنی‏داری نشان داد (05/0P<). همچنین زمانی‏که توزیع تأثیر ژنی گاما بود روش‏های بیزی در مقایسه با روش GBLUP و RRBLUP برتری آشکاری نشان دادند. هنگامی‏که توزیع تأثیرات ژنی نرمال بود، بیشترین صحت ارزش‏های اصلاحی به‌دست آمد. با افزایش تعداد QTL‌ها به‌سمت 200، صحت ارزش‏های اصلاحی ژنومیک کاهش یافت. نتایج این تحقیق نشان داد که در‌مجموع روش‏های بیزی و GBLUP از‌نظر صحت ارزش‏های اصلاحی پیش‏بینی‌شده در مقایسه با روش RRBLUP عملکرد بهتری دارند. نتایج تحقیق حاضر نشان می‌دهد هنگامی‌که معماری صفات بررسی‌شده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی نکند، معمولاً روش‏های بیزی بر روش‏های GBLUP و RRBLUP ارجحیت دارند.



1. Genomic-Best Linear Unbiased Prediction


2. Ridge Regression