بهزاد رجبی مرند؛ حسین مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ رستم عبدالهی آرپناهی
دوره 21، شماره 4 ، دی 1398، ، صفحه 419-430
چکیده
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزشهای اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلولهای بدنی صحت ارزیابیها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیشبینیهای حاصل با استفاده از بلوکهای هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلولهای بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوکها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی، میتواند منجر به افزایش صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.
عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ مرتضی ستائی مختاری
دوره 20، شماره 4 ، بهمن 1397، ، صفحه 499-511
چکیده
هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی ژنتیکی صفات جفتماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز با مدلهای استاندارد و یکطرفه براساس دادههای زایش اول 50230 راس گاو هلشتاین جمعآوری شده در سالهای 1387 تا 1396 در 17 گله بزرگ گاو شیری، بود. دادهها با مدل دام گوسی - آستانهای چهارصفتی با دو مدل استاندارد و یکطرفه واکاوی شدند. ...
بیشتر
هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی ژنتیکی صفات جفتماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز با مدلهای استاندارد و یکطرفه براساس دادههای زایش اول 50230 راس گاو هلشتاین جمعآوری شده در سالهای 1387 تا 1396 در 17 گله بزرگ گاو شیری، بود. دادهها با مدل دام گوسی - آستانهای چهارصفتی با دو مدل استاندارد و یکطرفه واکاوی شدند. در مدل یکطرفه، آثار علَی بروز جفتماندگی بر متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز، متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز و تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز در نظر گرفته شدند. اثرات علَی جفتماندگی و متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی به ترتیب 0.19 و 0.09 سرویس، بر روزهای باز به ترتیب 4.74 و 5.38 روز و اثر علّی تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز 33 روز به دست آمدند. روابط علَی بین صفات به جز جفتماندگی بر متریت و همبستگی های فنوتیپی و باقیمانده بین ناهنجاریها و باروری تحت دو مدل از لحاظ آماری معنیدار بودند. میانگینهای پسین وراثتپذیری جفت-ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای آبستنی و روزهای باز در مدل استاندارد به ترتیب 0.15، 0.17، 0.07 و 0.09 و در مدل یکطرفه به ترتیب 0.16، 0.17 ، 0.07 و 0.1 برآورد گردیدند که همه آنها از لحاظ آماری معنیدار بودند؛ ولی با یکدیگر اختلاف آماری معنیداری نداشتند. بنابراین، این مدل می تواند به عنوان جایگزین برای مدل استاندارد در ارزیابی ژنتیکی صفات تولیدمثلی زایش نخست گاوهای هلشتاین به کار رود.
حمید مرزبانی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 29-41
چکیده
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با ...
بیشتر
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازهگیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNPها در بلوکهای هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوکهای هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوکهای هاپلوتیپی و همچنین LD پایین بهدست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوکهای هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوکهای هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه میگردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوکهای هاپلوتیپی استفاده شود
حسین مرادی شهربابک؛ اکبر اسدی؛ پرویز عزیزی؛ سعیده الهیان
دوره 14، شماره 2 ، دی 1391، ، صفحه 43-50
چکیده
ژن مربوط به گیرنده هورمون رشد ژن هورمون بر روی کروموزوم 16 گوسفند قرار دارند. در این تحقیق، از سیاهرگ وداج تعداد 88 رأس گوسفند موجود در ایستگاه اصلاح نژاد گوسفند کرمانی (شهربابک) خونگیری شد و DNA نمونهها با روش بهینه یافته نمکی استخراج شد و قطعه 155 جفت باز (شامل بخشی از اگزون 10 ژن گیرنده هورمون رشد) تکثیر شد. از تفاوت چندشکلی فضایی ...
بیشتر
ژن مربوط به گیرنده هورمون رشد ژن هورمون بر روی کروموزوم 16 گوسفند قرار دارند. در این تحقیق، از سیاهرگ وداج تعداد 88 رأس گوسفند موجود در ایستگاه اصلاح نژاد گوسفند کرمانی (شهربابک) خونگیری شد و DNA نمونهها با روش بهینه یافته نمکی استخراج شد و قطعه 155 جفت باز (شامل بخشی از اگزون 10 ژن گیرنده هورمون رشد) تکثیر شد. از تفاوت چندشکلی فضایی تکرشتهها (SSCP) برای تعیین ژنوتیپ نمونهها، استفاده شد. بدینمنظور، الکتروفورز عمودی نمونهها روی ژل اکریلآمید 12 درصد به مدت 17 ساعت و با اختلاف پتانسیل 300 ولت در دمای چهار درجه سانتیگراد صورت گرفت. همچنین رنگآمیزی ژل به روش نیترات نقره انجام شد که طی آن الگوهای ژنوتیپی یک، دو، سه، چهار، پنج و شش بهترتیب 1/9، 5/4، 6/13، 1/9، 2/35 و 4/28 درصد مشاهده شد. آنالیز واریانس ارقام نشان داد که ارتباط الگوهای متفاوت ژنتیکی با صفات رشد (وزن تولد، وزن سهماهگی، وزن ششماهگی، وزن نهماهگی و وزن 12 ماهگی) معنیدار نیست.