سیاوش منظوری؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
دوره 25، شماره 1 ، فروردین 1402، ، صفحه 1-11
چکیده
مطالعه حاضر بهمنظور انتخاب نشانگرهای مؤثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روشهای انتخاب نشانگر با دادههای 304 حیوان از 14 نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان ...
بیشتر
مطالعه حاضر بهمنظور انتخاب نشانگرهای مؤثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روشهای انتخاب نشانگر با دادههای 304 حیوان از 14 نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP50K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان شاخصی برای انتخاب نشانگرها در کاهش اندازه پنلهای نشانگری کاربرد دارد. برای تخمین محتوای اطلاعاتی هر نشانگر، از آماره Fst رایت، آماره θ، آماره دلتا، آماره D، آماره Gst، آماره G'st، آماره G"st و آنالیز مؤلفه های اصلی استفاده گردید. در این مطالعه، از آماره لگاریتم نسبت درستنمایی برای انتخاب نشانگرها استفاده شد. با توجه به نتایج، همه روشهای انتخاب برای شناسایی نشانگرها دارای رفتار و عملکرد مشابهی بودند. تعداد نشانگرهای مشترک بین روشها حداقل 42 نشانگر و حداکثر 499 نشانگر SNP بود. به طور کلی، روش آماره Fst نیازمند تعداد کمتری از نشانگرها برای رسیدن به انتساب موفق بود. آمارههای G'st و G"st با بیش از 350 نشانگر برای دستیابی به 95% انتساب صحیح، عملکرد ضعیفی را نشان دادند. لازم به ذکر است که تنها با 60 نشانگر برتر، دستیابی به موفقیت بیش از 70 درصد امکان پذیر است. با توجه به نتایج، Fst جفتی رایت از سایر روشهای انتخاب SNP دارای عملکرد بهتری بود. نتایج حاصله منجر به ایجاد پنلهای انحصاری جهت شناسایی نژادهای متنوع میگردد که دارای اهمیت اقتصادی زیادی است.
حمید مرزبانی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 29-41
چکیده
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با ...
بیشتر
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازهگیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNPها در بلوکهای هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوکهای هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوکهای هاپلوتیپی و همچنین LD پایین بهدست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوکهای هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوکهای هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه میگردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوکهای هاپلوتیپی استفاده شود