حمید مرزبانی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 29-41
چکیده
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با ...
بیشتر
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNPها در بلوک‌های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک‌های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوک‌های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به‌دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک‌های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک‌های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می‌گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک‌های هاپلوتیپی استفاده شود