حسین محمدی؛ امیر حسین خلت‌آبادی فراهانی؛ مهدیه مهدی‌پور
چکیده
هدف: شناسایی نشانههای انتخاب میتواند دیدگاههای ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجههای گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با ...
بیشتر
هدف: شناسایی نشانههای انتخاب میتواند دیدگاههای ارزشمندی در مورد مناطق ژنومی که تحت انتخاب مثبت هستند فراهم کرده و درک بهتری از روابط بین فنوتیپ و ژنوتیپ ارائه کند. در طول چند دهه گذشته، برنامه انتخاب در جوجههای گوشتی براساس رشد سریع و افزایش بازده غذایی انجام گرفته است. از طرفی این سرعت رشد بالا به علت همبستگی ژنتیکی با افزایش ذخیره چربی بدن، باعث کاهش کیفیت گوشت شده است که متخصصین اصلاح نژاد طیور را با چالشهای جدیدی مواجه کرده است. هدف پژوهش حاضر شناسایی مناطق ژنومی تحت انتخاب مثبت مرتبط با ذخیره چربی بدن در سن هفت هفتگی جوجههای گوشتی با استفاده از روش آماری مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی بود.
روش پژوهش: بدین منظور تعداد 475 قطعه پرنده دو لاین جوجه گوشتی کشور چین در نسل یازدهم که به‌صورت واگرا هدف انتخاب بودند، با استفاده از یک تراشه 60K تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده گردید. در مرحله اول شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با ذخیره چربی توسط آزمون XP-EHH که مبتنی بر عدم تعادل پیوستگی است بهوسیله نرم‌افزار Selscan (نسخه 0/2) مورد استفاده قرار گرفت. برای تعیین مناطق ژنومی کاندیدای مرتبط با صفت ذخیره چربی بدن یک درصد ارزش بالایی آماره XP-EHH به‌صورت پنجره‌های ژنومی 10 نشانگری انتخاب شدند. در نهایت جهت شناسایی ژنهای کاندیدای مرتبط با صفت مورد پژوهش و نقش عملکردی آن‌ها به‌ترتیب از برنامه BioMart و DAVID استفاده شد. هم‌چنین برای بررسی وجود QTLهای مرتبط با صفت ذخیره چربی در مناطق ژنومی شناسایی‌شده از آخرین نسخه منتشرشده پایگاه برخطAnimal genome استفاده شد.
یافته‌ها: بررسی ژنهای گزارش‌شده در مناطق کاندیدا نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژنهای STAB2، TAPT1، JDP2، FNDC3B، PTPN11، ADIPOR1 و SLC44A3 قرار داشتند. بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد، ژنهای موجود در این مناطق با متابولیسم لیپید، انتقال اسیدهای چرب، گیرندههای لیپوپروتئین، متابولیسم و هومئوستازی گلوکز مرتبط بودند. با بررسی مناطق ژنومی کاندیدا در پایگاهAnimal genome ، QTLهای مرتبط با وزن چربی محوطه بطنی و وزن چربی لاشه گزارش شده بود.
نتیجه‌گیری کلی: به‌طور کلی ژنهای متعددی که در نواحی ژنومی شناسایی‌شده براساس عملکرد میتوانند به‌عنوان کاندیداهای تحت انتخاب مطرح باشند. به هر حال، بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی به‌دست‌آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. نتایج این پژوهش میتواند در درک ساز و کار ژنتیکی کنترل‌کننده صفت ذخیره چربی بدن با هدف افزایش وزن همراه با کاهش ذخیره چربی بدنی در طی دوره پرورش جوجه گوشتی مورداستفاده قرار گیرد.
بهزاد رجبی مرند؛ حسین مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ رستم عبدالهی آرپناهی
چکیده
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوک‌های هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشه‌هایی با تراکم‌های مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوک‌های هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشه‌هایی با تراکم‌های مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزش‌های اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلول‌های بدنی صحت ارزیابی‌ها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیش‌بینی‌های حاصل با استفاده از بلوک‌های هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلول‌های بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوک‌ها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوک‌های هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوک‌های هاپلوتایپی، میتواند منجر به افزایش صحت ارزش‌های اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.
یوسف نادری
چکیده
هدف از این تحقیق ارزیابی مدلهای تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیشبینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاههای صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی ...
بیشتر
هدف از این تحقیق ارزیابی مدلهای تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیشبینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاههای صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق نرم‌افزار Flmpute (نسخه 2/2) جانهی شدند. میانگین صحت جانهی در سناریوهای با LD زیاد و کم به‌ترتیب 976/0 و 943/0 بود. در همه سناریوهای شبیهسازیشده تفاوت جزئی بین صحت ژنومی داده‌های اصلی و جانهی مشاهده شد. صحت ژنومی با کاهش سطح LD، وراثتپذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات کاهش یافت. استفاده از مدل چند-صفتی نسبت به مدل تک- صفتی باعث افزایش صحت ژنومی شد. سطح LD و همبستگی ژنتیکی بین محیطهای مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محیط و ژنوتیپ نقش مهمی را ایفا کردند. لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط و تأثیر آن بر افزایش صحت ژنومی از یک طرف و جانهی تراشههای با تراکم کم به تراکم زیاد (خصوصاً در سناریوهای با LD بالا) جهت کاهش هزینههای ژنومی از طرف دیگر، میتواند راه حل مناسب و کاربردی جهت بهبود انتخاب ژنومی باشد.