حسین محمدی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد شمس الهی
چکیده
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازه‌گیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرمافزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پایین‌دست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی به‌وسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای مرتبط با صفات قطر الیاف CEP290)، PRKCZ، TMTC3، RHPN2 و TNFSF4)، طول استاپل (NLGN1، SPHKAP و PLCE1) و نسبت کمپ و مو (FAT1 و PIK3R4) شناسایی شدند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 21 مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکولهای مو، تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیمهای تروئونین کینازها و مسیر سیگنالدهی Wntداشتند. با توجه به تأیید نتایج قبلی و شناسایی ژنهای کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش میتواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ محمد شمس الهی
چکیده
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA ...
بیشتر
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرمافزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کم‌ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش‌ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش‌ترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کم‌ترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوسوری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. هم‌چنین بیش‌ترین و کم‌ترین تعداد ROH به‌ترتیب روی کروموزومهای دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسلهای حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیش‌ترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کم‌ترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری به‌ترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 بهدست آمد. هم‌چنین Ne اکثر جمعیتهای موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی‌نمودن تولید و طراحی برنامههای مناسب جفت‌گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری است.