حسین محمدی؛ محمد شمس اللهی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1402
چکیده
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایههای ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف ...
بیشتر
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایههای ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف و وزن بیده در برنامه GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با نرم افزار KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژنهای مؤثر بر تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، رشد و توسعه فولیکولهای مو و کلاژن همپوشانی دارند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 18 مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات الیاف مرتبط بودند (P˂0.05). از این بین، مسیرهای مسیر سیگنالدهی اکسی‌توسین، تنظیم پروتئین‌های انتقالی داخل سلولی و تفرق سلولی اپیدرمال نقش مهمی در رشد فولیکولهای مو، تحریک کلاژن و تنظیم بیان ژن داشتند. همچنین در ارتباط با کمیت الیاف مسیرهای ترشح انسولین، مسیر سیگنالدهی MAPK و پاسخ سلولی به محرک‌های هورمونی ارتباط معنیداری داشتند. به هر حال بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی بدست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. استفاده از یافته‌های این تحقیق میتواند باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی بز با هدف تولید الیاف ظریف‌تر شود.
حسین محمدی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد شمس الهی
دوره 25، شماره 3 ، مهر 1402، ، صفحه 241-254
چکیده
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازه‌گیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرمافزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پایین‌دست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی به‌وسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای مرتبط با صفات قطر الیاف CEP290)، PRKCZ، TMTC3، RHPN2 و TNFSF4)، طول استاپل (NLGN1، SPHKAP و PLCE1) و نسبت کمپ و مو (FAT1 و PIK3R4) شناسایی شدند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 21 مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکولهای مو، تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیمهای تروئونین کینازها و مسیر سیگنالدهی Wntداشتند. با توجه به تأیید نتایج قبلی و شناسایی ژنهای کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش میتواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ محمد شمس الهی
دوره 25، شماره 2 ، تیر 1402، ، صفحه 133-143
چکیده
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA ...
بیشتر
در این پژوهش، میزان همخونی ژنومی و اندازه مؤثر جمعیت در 879 رأس بز نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری با استفاده از یک پنل K50 که بعد از کنترل کیفیت 36861 نشانگر SNPو 827 رأس بز بود، بررسی شد. ضریب همخونی با چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با نرمافزار GCTA (نسخه1/0) و قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه 1/9) محاسبه شد. اندازه مؤثر جمعیت (Ne) از اطلاعات عدم تعادل پیوستگی با نرمافزار SNeP (نسخه 1/1) محاسبه شد. کم‌ترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد بیتال و بیش‌ترین مربوط به نژاد بربری بود. بیش‌ترین میزان FROH (0/159) در نژاد بربری و کم‌ترین مقدار آن (0/028) در نژاد پوسوری برآورد شد. میانگین طول قطعات ROH بین 70/2 تا 391/4 مگاباز و متوسط تعداد قطعات ROH بین 8/19 تا 48/65 متغیر بود. همچنین بیش‌ترین و کم‌ترین تعداد ROH به‌ترتیب روی کروموزومهای دو و 29 مشاهده شدند. اندازه Ne در نسلهای حاضر (نسل پنج) نژادهای موردبررسی در دامنه 365-35 رأس بود. بیش‌ترین Ne در نژاد بیتال (365 رأس) و کم‌ترین در نژاد بربری (35 رأس) برآورد شد. میانگین ضریب همخونی در نژادهای بیتال، تدی، پهری، نچی، بربری، دیرا دینپناه و پوسوری به‌ترتیب 0/035، 0/081، 0/031، 0/052، 0/15، 0/11 و 0/02 بهدست آمد. همچنین Ne اکثر جمعیتهای موردمطالعه کاهش یافت. بنابراین، اقتصادی‌نمودن تولید و طراحی برنامههای مناسب جفت‌گیری برای کنترل همخونی و حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژادها ضروری است.