عباس میرزاپور آبیبگلو؛ نعمت هدایت؛ رضا خلخالی ایوریق؛ رضا سید شریفی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 بهمن 1402
چکیده
به دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشمگیری برخوردار هستند. به نظر میرسد تفاوتهای اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعهی حاضر، شناسایی نشانههای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم میباشد. به این منظور، از ...
بیشتر
به دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشمگیری برخوردار هستند. به نظر میرسد تفاوتهای اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعهی حاضر، شناسایی نشانههای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم میباشد. به این منظور، از دادههای توالییابی شدهی کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیر ایرانی موجود در پایگاه دادهای NCBI استفاده گردید. این توالیها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند همطراز شدند. پس از شناسایی تنوعهای ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژنهای موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرمافزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرحنویسی عملکردی این ژنها با استفاده از آنالیز هستیشناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج بدست آمده، به ترتیب 907 و 311 ژن کدکنندهی پروتئین توسط روشهای Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد 29 ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابیهای بیشتر نشان داد که تعدادی از این ژنها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA5، RAB35 و DICER1)، رشد و نمو ماهیچهای (NF1، AKAP6 و HDAC9)، وزن بدن (FBXL3، GRID2 و ADAMTS17)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR2 و NF1) و شیر (EXOC6B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالا برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر مورد انتخاب قرار گرفتهاند.
رضا خلخالی ایوریق؛ سید حسن حافظیان؛ نعمت هدایت ایوریق؛ ایوب فرهادی؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 109-120
چکیده
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی ...
بیشتر
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوعهای شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندلهای نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندلهایی استفاده شد که در حاشیهنویسی به عنوان واریانتهای با اثر بالا طبقهبندی شده بودند. تعداد ایندلهای با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از دادههای توالییابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندلهای با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آنها مشترک میباشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنیدار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی میباشند.