فرناز ارجمند کرمانی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین محمدی؛ مهدی جوان نیکخواه؛ یونس دوستی
چکیده
عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیشتر در گله‌های شیری شیوع داشته و به‌دلیل محدودیت‌های تجاری و مرگ‌ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می‌شود که همچنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می‌باشد. هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. ...
بیشتر
عفونت ویروس لوسمی گاوی (BLV) بیشتر در گله‌های شیری شیوع داشته و به‌دلیل محدودیت‌های تجاری و مرگ‌ومیر ناشی از لنفوسارکوم باعث ضررهای اقتصادی مستقیم می‌شود که همچنین با کاهش تولید شیر و افزایش نرخ حذف نیز مرتبط می‌باشد. هدف از این پژوهش، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) برای شناسایی مناطق ژنومی و ژن‌های کاندیدا مرتبط با عفونت به BLV بود. این مطالعه با استفاده از گاوهای هلشتاین ایران که به‌طور طبیعی به BLV آلوده شده بودند، انجام گرفت. بدین منظور از 150 راس گاو هلشتاین در یکی از گاوداری‌های صنعتی اصفهان، نمونه‌خون جمع‌آوری و از آنها استخراج DNA و سرم انجام گردید. سپس نمونه‌های DNA آماده‌شده با استفاده از تراشه‌های k30 (SNPchip30k) (توسط شرکت ایلومینا) تعیین ژنوتیپ شدند. کنترل کیفیت نشانگرهای تعیین ژنوتیپ‌شده براساس شاخص‌های فراوانی آلل نادر (05/0 PMAF <)، ژنوتیپ از دست‌رفته (05/0PMIND >)، نرخ تعیین ژنوتیپ (05/0PGENO>) و تعادل هاردی-واینبرگ (6-10×1PH-W <) توسط نرم‌افزار PLINK انجام شد. بعد از آنالیز کنترل کیفیت 145 راس گاو (77 بیمار و 68 شاهد) و 22868 نشانگر برای ادامه آنالیز باقی‌ماند. پس از انجام آنالیز پویش ژنوم در برنامه PLINK در نهایت هشت نشانگر بالاتر از حد آستانه معنی‌داری، شناخته شدند که بیشترین نشانگرهای معنی‌دار در کروموزوم‌های 17 و 21 قرار داشتند. با بررسی بیوانفورماتیکی مناطق ژنومی معنی‌دار با استفاده از پایگاه‌های برخط ensemble و genecards، ژن‌های مرتبط با نشانگرهای معنی‌دار انتخاب شده، شناسایی شدند که مهم‌ترین آنها GRK4، TP53BP1، SCAPER، GLRB، PDGFC، TNIP2، PSTPIP1، CEP350، MR1، TOM1L2، SREBF1، COPS و TNFRS13B بود.
بهروز محمدنظری؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی
چکیده
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه به‌ترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سال‌های 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز ...
بیشتر
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه به‌ترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سال‌های 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، به‌عنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی می‌شود. تغییرات وراثت‌پذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدل‌هایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل می‌شود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.
عبداله رضاقلی وند لاهرود؛ محمد مرادی شهربابک؛ حسین مرادی شهربابک؛ مرتضی ستائی مختاری
چکیده
هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی ژنتیکی صفات جفت‌ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز با مدل‌های استاندارد و یکطرفه براساس داده‌های زایش اول 50230 راس گاو هلشتاین جمع‌آوری شده در سال‌های 1387 تا 1396 در 17 گله بزرگ گاو شیری، بود. دادهها با مدل دام گوسی - آستانه‌ای چهارصفتی با دو مدل استاندارد و یکطرفه واکاوی شدند. ...
بیشتر
هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی ژنتیکی صفات جفت‌ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز با مدل‌های استاندارد و یکطرفه براساس داده‌های زایش اول 50230 راس گاو هلشتاین جمع‌آوری شده در سال‌های 1387 تا 1396 در 17 گله بزرگ گاو شیری، بود. دادهها با مدل دام گوسی - آستانه‌ای چهارصفتی با دو مدل استاندارد و یکطرفه واکاوی شدند. در مدل یکطرفه، آثار علَی بروز جفت‌ماندگی بر متریت، تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز، متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی و روزهای باز و تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز در نظر گرفته شدند. اثرات علَی جفت‌ماندگی و متریت بر تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی به ترتیب 0.19 و 0.09 سرویس، بر روزهای باز به ترتیب 4.74 و 5.38 روز و اثر علّی تعداد تلقیح به ازای هر آبستنی بر روزهای باز 33 روز به دست آمدند. روابط علَی بین صفات به جز جفت‌ماندگی بر متریت و همبستگی های فنوتیپی و باقیمانده بین ناهنجاری‌‌ها و باروری تحت دو مدل از لحاظ آماری معنی‌دار بودند. میانگین‌های پسین وراثت‌پذیری جفت-ماندگی، متریت، تعداد تلقیح به ازای آبستنی و روزهای باز در مدل استاندارد به ترتیب 0.15، 0.17، 0.07 و 0.09 و در مدل یکطرفه به ترتیب 0.16، 0.17 ، 0.07 و 0.1 برآورد گردیدند که همه آنها از لحاظ آماری معنی‌دار بودند؛ ولی با یکدیگر اختلاف آماری معنی‌داری نداشتند. بنابراین، این مدل می تواند به عنوان جایگزین برای مدل استاندارد در ارزیابی ژنتیکی صفات تولیدمثلی زایش نخست گاوهای هلشتاین به کار رود.
حمید مرزبانی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد مرادی شهربابک
چکیده
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با ...
بیشتر
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNPها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNPها در بلوک‌های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک‌های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوک‌های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به‌دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک‌های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک‌های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می‌گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک‌های هاپلوتیپی استفاده شود
رستم عبداللهی آرپناهی؛ عباس پاکدل؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک
چکیده
هدف از انجام تحقیق حاضر، مقایسۀ روشهای گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاه‌های صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیهسازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان ...
بیشتر
هدف از انجام تحقیق حاضر، مقایسۀ روشهای گوناگون آماری در پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت از‌نظر توزیع تأثیرات ژنی و نیز تعداد متفاوت جایگاه‌های صفت کمّی (QTLs) با‌استفاده از شبیهسازی کامپیوتری است. بدین منظور، ژنومی حاوی 500 نشانگر تک‌نوکلئوتیدی دوآللی (SNP) روی کروموزومی به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیهسازی، و توزیعهای متفاوت تأثیرات ژنی (یکنواخت، نرمال، و گاما) و نیز سه تعداد QTL (50، 100 و 200) به‌صورت فرضیه‌های شبیهسازی صفت روی آن درنظر گرفته شد. بدین ترتیب نه صفت با معماری ژنتیکی متفاوت ایجاد شد. به‌منظور پیش‌بینی ارزشهای اصلاحی افراد موجود در جمعیتهای مرجع و تأیید، از شش روش بهترین پیش‌بینی نااریب خطی ژنومیک[1] (GBLUP)، رگرسیون ریدج[2] (RRBLUP)، بیز A (BayesA)، بیز B (BayesB)، بیز Cπ (BayesCπ)، و بیز L (BayesL) استفاده گردید. با افزایش فاصلۀ بین نسل مرجع و نسل تأیید ناشی از برهم‌خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک در تمام روشها کاهش معنی‌داری نشان داد (05/0P<). همچنین زمانیکه توزیع تأثیر ژنی گاما بود روشهای بیزی در مقایسه با روش GBLUP و RRBLUP برتری آشکاری نشان دادند. هنگامی‌که توزیع تأثیرات ژنی نرمال بود، بیشترین صحت ارزشهای اصلاحی به‌دست آمد. با افزایش تعداد QTLها به‌سمت 200، صحت ارزشهای اصلاحی ژنومیک کاهش یافت. نتایج این تحقیق نشان داد که در‌مجموع روشهای بیزی و GBLUP از‌نظر صحت ارزشهای اصلاحی پیشبینیشده در مقایسه با روش RRBLUP عملکرد بهتری دارند. نتایج تحقیق حاضر نشان می‌دهد هنگامی‌که معماری صفات بررسی‌شده از مدل تعداد زیاد جایگاه ژنی پیروی نکند، معمولاً روشهای بیزی بر روشهای GBLUP و RRBLUP ارجحیت دارند. 1. Genomic-Best Linear Unbiased Prediction 2. Ridge Regression