دانشگاه تهران، دانشکده فناوری کشاورزی ابوریحان تولیدات دامی 2008-6776 17 1 2015 03 21 Structural analysis of the TLR4 gene in Iranian commercial Arian line and west Azerbaijan native chicks بررسی ساختار ژن TLR4 در دو ‌سویه از طیور تجاری لاین آرین و بومی آذربایجان غربی 9 18 54015 10.22059/jap.2015.54015 FA ثنا فرهادی کارشناس ارشد، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران علی اکبر مسعودی استادیار، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران رسول واعظ ترشیزی دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران Journal Article 2014 10 16 <strong>The TLR4 gene structure as the main receptor for lipopolysaccharide recognition of Gram-negative bacteria was investigated in two strains of Iranian commercial Arian line and west Azerbaijan native chicks and its expression was studied in some major organs. Blood samples of the 120 birds were taken and total DNAs extracted. Then, the target gene was sequenced using four pairs of primers on four samples of each strain. The effects of amino acid changes on protein function were assessed by PANTHER software. To investigate the gene expression, total RNAs were extracted from liver, spleen, and lung tissues after slaughter of the birds. Gene expression was assessed by semi-quantitative RT-PCR. The amplified RNAs from tissues of liver, spleen and lungs. Then electrophoresis images were processed with the Image software and quantitative data analyzed by MINITAB. The results showed three new single polymorphisms (T1147C, C2246A and A1832G) in the sequence of TLR4 gene in the studied populations. The effects of variations on TLR4 protein structure indicated  a deleterious effect of mutations on  protein structure. The TLR4 gene expression in case of native and commercial strains did not show significant differences. Due to importance of the TLR4 in innate immunity and identification of some novel mutations affecting on protein structure, this gene could be a valuable candidate related to genetic resistance in poultry.</strong> <strong>در این مطالعه، ساختار ژن TLR4 به‌عنوان گیرندۀ اصلی در شناسایی لیپوپلی‏ساکارید باکتری‏های گرم منفی در دو ‌سویه از طیور تجاری لاین آرین و بومی آذربایجان غربی بررسی و بیان آن در برخی از اندام‏های اصلی مطالعه شد. از ۱۲۰ قطعه پرنده خون‏گیری و DNA کل آنها استخراج شد. با طراحی چهار جفت آغازگر اختصاصی، کل ژن TLR4 در چهار قطعه از پرندگان هر سویه توالی‏یابی شد. تأثیرات تغییرات اسیدآمینه‏ای بر عملکرد پروتئین با نرم‏افزار PANTHER بررسی شد. بررسی بیان ژن با روش RT-PCR نیمه‌کمّی پس از استخراج RNA از بافت‏های کبد، طحال، و ریه انجام گرفت و سپس تصاویر حاصل از الکتروفورز با نرم‏افزارImage ‏J پردازش و داده‏های حاصل از آن با نرم‏افزار آماری MINITAB تجزیه شد. نتایج تحقیق حاضر، سه SNP جدید (T1147C، A1832G، و C2246A) را نشان داد. بررسی‏های عملکرد پروتئینی نشان داد که همۀ این تغییرات تک‏نوکلئوتیدی در پروتئین مزبور اختلال ایجاد می‏کنند. بیان ژن TLR4 در سویۀ آرین مقادیر بالاتری را در مقایسه با سویۀ بومی نشان داد ولی دو سویه تفاوت معنی‏داری با هم نداشتند. باتوجه به اهمیت بالای این ژن در سیستم ایمنی ذاتی و مشخص‌شدن تغییرات نوکلئوتیدی جدید مؤثر بر ساختار پروتئین حاصل، این ژن می‏تواند به‌عنوان کاندیدی مرتبط با مقاومت ژنتیکی در جمعیت پرندگان مدنظر قرار بگیرد.</strong> https://jap.ut.ac.ir/article_54015_b3e1f15338f74cf2e8f36211c5b0a8fe.pdf