TY - JOUR ID - 65117 TI - مطالعه‌ عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی در گاوهای سرابی JO - تولیدات دامی JA - JAP LA - fa SN - 2008-6776 AU - مرزبانی, حمید AU - مرادی شهربابک, حسین AU - مرادی شهربابک, محمد AD - دانشجویی کارشناسی ارشد. گروه علوم دامی، ،دانشگاه تهران AD - پردیس کشاورزی و منابع طبعیی، دانشگاه تهران، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بحث ژنومیک AD - پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشکده علوم زراعی و دامی، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک کمی/ تجزیه داده ها/ آمار/ ارزیابی ژنومیک Y1 - 2018 PY - 2018 VL - 20 IS - 1 SP - 29 EP - 41 KW - انتخاب ژنومیک KW - چند شکلی تک نوکلئوتیدی KW - کروموزوم‌های اتوزومی KW - گاو سرابی KW - مطالعات ارتباطی ژنوم DO - 10.22059/jap.2018.236405.623221 N2 - این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده‌های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم‌های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازه‌گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و 'D برای جفت SNP‌ها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNP‌ها در بلوک‌های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک‌های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه مؤثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 رأس برآورد شد. تعداد کم بلوک‌های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به‌دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک‌های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک‌های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می‌گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک‌های هاپلوتیپی استفاده شود UR - https://jap.ut.ac.ir/article_65117.html L1 - https://jap.ut.ac.ir/article_65117_29e8df3595c9f0e8c92f5e97d7b66256.pdf ER -