TY - JOUR ID - 65067 TI - شناسایی و آنالیز حذف و درج‌ها در ژنوم شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم JO - تولیدات دامی JA - JAP LA - fa SN - 2008-6776 AU - خلخالی ایوریق, رضا AU - حافظیان, سید حسن AU - هدایت ایوریق, نعمت AU - فرهادی, ایوب AU - بختیاری زاده, محمدرضا AD - گروه علوم دامی، دانشکده علوم کشاورزی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری ایران AD - گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران AD - دانشگاه محقق اردبیلی- دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- گروه علوم دامی AD - ساری، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، دانشکده کشاورزی، گروه علوم دام و آبزیان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوتکنولوژی/ سیتوژنتیک و نقشه یابی ژن ها/ کشت سلولی/ مهندسی ژنتیک AD - پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک Y1 - 2018 PY - 2018 VL - 20 IS - 1 SP - 109 EP - 120 KW - ایندل KW - ایلومینا KW - تنوع ژنتیکی KW - ژن آنتولوژی KW - گروه‌های عملکردی DO - 10.22059/jap.2018.242902.623229 N2 - این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج‌های (ایندل‌ها) موجود در ژنوم شتر تک‌کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، با استفاده از داده‌های توالی‌یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک‌کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل‌های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع‌های شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندل‌های نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندل‌هایی استفاده شد که در حاشیه‌نویسی به عنوان واریانت‌های با اثر بالا طبقه‌بندی شده بودند. تعداد ایندل‌های با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندل‌های با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آن‌ها مشترک می‌باشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنی‌دار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی می‌باشند. UR - https://jap.ut.ac.ir/article_65067.html L1 - https://jap.ut.ac.ir/article_65067_f817d77bd3e16ea8a3291db64eaec755.pdf ER -