@article { author = {khalkhali ivriq, reza and hafezian, seyed hassan and hedayat evrigh, nemat and farhadi, ayoub and bakhtiarizadeh, mohammad reza}, title = {Detection and analysis of deletions and insertions in genome of Iranian dromedary camels using whole genome sequencing data}, journal = {Animal Production}, volume = {20}, number = {1}, pages = {109-120}, year = {2018}, publisher = {University of Tehran, College of Abureyhan}, issn = {2008-6776}, eissn = {2382-994X}, doi = {10.22059/jap.2018.242902.623229}, abstract = {This study was carried out for identification of deletions, insertions (INDELs) and assessment of their related functional groups in two Iranian dromedary camels (Yazdi camel and Trodi camel) using whole genome sequencing data. In this study, two powerful variant callers (GATK and SAMtools) were used to increase precision and accuracy of detected INDELs. Finally, common identified variants between two programs, after quality filtration, were considered as final INDELs. The present study led to identification of 351429 INDELs for Yazdi camel and 341479 INDELs for Trodi camel. Annotated INDELs that classified as high impact INDELs, were used for further analysis. The numbers of high impact INDELs were 3424 and 3506 for Yazdi and Trodi camels, respectively. To compare Iranian camels with non-Iranian camels, we used whole genome sequencing data of one African origin camel. Comparison of high impact INDELs between three samples showed that 1595 INDELs were common between them. Assessment of gene ontology’s results showed that many of significant terms are related to the ability of camels to withstand serve desert conditions.}, keywords = {functional groups,gene ontology,Genetic diversity,Illumina,INDEL}, title_fa = {شناسایی و آنالیز حذف و درج‌ها در ژنوم شترهای تک‌کوهانه ایرانی با استفاده از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم}, abstract_fa = {این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درج‌های (ایندل‌ها) موجود در ژنوم شتر تک‌کوهانه ایرانی و ارزیابی گروه‌های عملکردی مرتبط با آن‌ها، با استفاده از داده‌های توالی‌یابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تک‌کوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندل‌های شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوع‌های شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندل‌های نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندل‌هایی استفاده شد که در حاشیه‌نویسی به عنوان واریانت‌های با اثر بالا طبقه‌بندی شده بودند. تعداد ایندل‌های با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از داده‌های توالی‌یابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندل‌های با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آن‌ها مشترک می‌باشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنی‌دار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی می‌باشند.}, keywords_fa = {ایندل,ایلومینا,تنوع ژنتیکی,ژن آنتولوژی,گروه‌های عملکردی}, url = {https://jap.ut.ac.ir/article_65067.html}, eprint = {https://jap.ut.ac.ir/article_65067_f817d77bd3e16ea8a3291db64eaec755.pdf} }