مسعود علی پناه
دوره 22، شماره 1 ، فروردین 1399، ، صفحه 1-8
چکیده
بهمنظور تعیین تداخل اثرات غلبه در برآورد پارامترهای ژنتیکی، از دو مدل افزایشی و افزایشی - غلبه برای برآو رد پارامترهای ژنتیکی صفات مختلف کیفیت 631 لاشه گاو گوشتی نر دورگ استفاده شد. داده ها با استفاده از نرمافزارهای Plink (نسخه 1/9) و GVCBLUP (نسخه 3/9) تجزیه شدند. نتایج نشان داد که بیشتر صفات کیفی لاشه وراثتپذیری بالایی داشتند، اما دو ...
بیشتر
بهمنظور تعیین تداخل اثرات غلبه در برآورد پارامترهای ژنتیکی، از دو مدل افزایشی و افزایشی - غلبه برای برآو رد پارامترهای ژنتیکی صفات مختلف کیفیت 631 لاشه گاو گوشتی نر دورگ استفاده شد. داده ها با استفاده از نرمافزارهای Plink (نسخه 1/9) و GVCBLUP (نسخه 3/9) تجزیه شدند. نتایج نشان داد که بیشتر صفات کیفی لاشه وراثتپذیری بالایی داشتند، اما دو صفت ماهیچه چشمی دنده اولتراسوند و وزن لاشه گرم دارای وراثتپذیری پایینی (بهترتیب 0/15 و 0/11) بودند. واریانس غلبه برای صفات وزن لاشه گرم، ماهیچه چشمی دنده اولتراسوند، چربی پشت اولتراسوند و ماهیچه چشمی دنده (بهترتیب 0/13، 0/440، 0/89 و0/33) بالا بود ولی برای سایر صفات (تولید گوشت لخم، درجه ماربلینگ، چربی پشت، ماهیچه چشمی دنده اولتراسوند و درجه لاشه) اثر غلبه مشاهده نشد یا بسیار جزئی برآورد گردید. هنگامی که واریانس غلبه صفات پایین بود، تاثیری بر برآورد GBLUP نداشت. برآورد وراثتپذیری صفات مورد بررسی به مقدار کم تحتتاثیر افزودن اثر غلبه در مدل قرار گرفت. مهمترین نواحی ژنومی موثر بر صفات کیفی لاشه مربوط یه ژن-های LAP3، THBS4 و PCDH9 بود. پیشنهاد می گردد، برای درک بهتر از ساختار ژنتیکی صفات و برنامه ریزی بهتر اصلاح نژادی، اثرات غلبه در مدل برآورد پارامترهای ژنتیکی اضافه شود.
بهزاد رجبی مرند؛ حسین مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ رستم عبدالهی آرپناهی
دوره 21، شماره 4 ، دی 1398، ، صفحه 419-430
چکیده
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزشهای اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلولهای بدنی صحت ارزیابیها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیشبینیهای حاصل با استفاده از بلوکهای هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلولهای بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوکها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی، میتواند منجر به افزایش صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.
یحیی محمدی؛ محمد مهدی شریعتی؛ سعید زره داران؛ محمد رزم کبیر؛ محمدباقر صیادنژاد؛ محمدباقر زندی
دوره 18، شماره 1 ، فروردین 1395، ، صفحه 1-11
چکیده
انتخاب ژنومی ابزاری جدید برای برآورد ارزشهای اصلاحی صفات کمّی با استفاده از نشانگرهای مولکولی است. معیار کارایی انتخاب ژنومی، دقت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومی است. در تحقیق حاضر، دقت پیشبینی ژنومی روشهای پارامتری و ناپارامتری در 345 گاو هلشتاین محاسبه شد. صفات مطالعهشده مقدار شیر، میزان چربی، میزان پروتئین، و سلولهای ...
بیشتر
انتخاب ژنومی ابزاری جدید برای برآورد ارزشهای اصلاحی صفات کمّی با استفاده از نشانگرهای مولکولی است. معیار کارایی انتخاب ژنومی، دقت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومی است. در تحقیق حاضر، دقت پیشبینی ژنومی روشهای پارامتری و ناپارامتری در 345 گاو هلشتاین محاسبه شد. صفات مطالعهشده مقدار شیر، میزان چربی، میزان پروتئین، و سلولهای سوماتیک شیر بود. دو روش پارامتری بهترین پیشبینی نااریب خطی ژنومیک (GBLUP) و بیز B و دو روش ناپارامتری فضای هیلبرت با هستۀ بازآفرین (RKHS) و شبکههای عصبی (NN) برای برآورد تأثیرات نشانگرها و پیشبینی و دقت ارزشهای اصلاحی ژنومی استفاده شد. دقت پیشبینی ژنومی در دامنۀ 39/0 (برای سلولهای سوماتیک) تا 73/0 (برای تولید چربی) محاسبه شد. بیز B و دو روش ناپارامتری در مقایسه با روش GBLUP دچار کوچککردن بیشتر پیشبینیها شده بودند (منحنی ضریب رگرسیون ارزش اصلاحی ژنومی بر ارزش اصلاحی کلاسیک بیشتر از یک بهدست آمد). درمقایسه با همۀ روشها دقت بیز B بیشتر شد. میانگین مربعات خطای پیشبینی برای روش GBLUP به نسبت دیگر روشها برای صفات مطالعهشده کمتر برآورد شد. مدل رگرسیون بیز B برای انتخاب ژنومی در این جمعیت مطلوب بود، ولی برای بهبود دقت با این روش نیاز به کاهش آبرفتگی پیشبینی در این روش است.