حسین محمدی؛ محمد شمس اللهی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1402
چکیده
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایههای ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف ...
بیشتر
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایههای ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف و وزن بیده در برنامه GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با نرم افزار KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژنهای مؤثر بر تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، رشد و توسعه فولیکولهای مو و کلاژن همپوشانی دارند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 18 مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات الیاف مرتبط بودند (P˂0.05). از این بین، مسیرهای مسیر سیگنالدهی اکسیتوسین، تنظیم پروتئینهای انتقالی داخل سلولی و تفرق سلولی اپیدرمال نقش مهمی در رشد فولیکولهای مو، تحریک کلاژن و تنظیم بیان ژن داشتند. همچنین در ارتباط با کمیت الیاف مسیرهای ترشح انسولین، مسیر سیگنالدهی MAPK و پاسخ سلولی به محرکهای هورمونی ارتباط معنیداری داشتند. به هر حال بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی بدست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. استفاده از یافتههای این تحقیق میتواند باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی بز با هدف تولید الیاف ظریفتر شود.
حسین محمدی؛ حسین مرادی شهربابک؛ محمد شمس الهی
دوره 25، شماره 3 ، مهر 1402، ، صفحه 241-254
چکیده
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات پشم از طریق پویش ژنومی برپایه آنالیز مسیر در گوسفند نژاد زندی بود. بدین منظور 96 رأس گوسفند با استفاده از آرایههای 50K تعیین ژنوتیپ شدند و برای هر دام رکوردهای فنوتیپی شامل میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات قطر الیاف، نسبت الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر قطر الیاف، طول استاپل، نسبت کمپ و نسبت مو در الیاف اندازهگیری شد. ارزیابی پویش ژنومی برای صفات در نرمافزار GEMMA انجام شد، سپس با استفاده از بسته نرمافزاری biomaRt2 ژنهای معنیداری که در داخل و یا 50 کیلوباز بالا و پاییندست نشانگرهای معنیدار قرار داشتند، شناسایی گردید. در نهایت، آنالیز غنیسازی مجموعههای ژنی بهوسیله برنامه برخط KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای مرتبط با صفات قطر الیاف CEP290)، PRKCZ، TMTC3، RHPN2 و TNFSF4)، طول استاپل (NLGN1، SPHKAP و PLCE1) و نسبت کمپ و مو (FAT1 و PIK3R4) شناسایی شدند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 21 مسیر با صفات پشم شناسایی شدند. از بین مسیرهای زیستی شناساییشده نقش مهمی در رشد و توسعه فولیکولهای مو، تولید کراتینوسیتها، رشد و توسعه اپیدرمال، سنتز آنزیمهای تروئونین کینازها و مسیر سیگنالدهی Wntداشتند. با توجه به تأیید نتایج قبلی و شناسایی ژنهای کاندیدای جدید با عملکرد مولکولی مرتبط با صفات الیاف پشم، نتایج این پژوهش میتواند در درک سازوکار ژنتیکی کنترل کننده صفات پشم مورد استفاده قرار گیرد و در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق کیفیت بالاتر پشم مفید باشد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی
دوره 24، شماره 2 ، تیر 1401، ، صفحه 117-126
چکیده
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای ...
بیشتر
هدف از این مطالعه بررسی معماری ژنتیکی، شناسایی مناطق ژنومی و ژنهای کاندیدای مرتبط با صفات افزایش وزن بدن، میزان خوراک مصرفی و ضریب تبدیل خوراک در بلدرچین ژاپنی بود. برای شناسایی پنجرههای ژنومی اصلی، از روش مطالعه پویش کل ژنومی تکمرحلهای و از اطلاعات ژنومی 920 قطعه بلدرچین ژاپنی استفاده شد. آنالیز پویش ژنومی بهوسیله نرمافزارهای خانواده BLUPF90 انجام شد. نتایج براساس مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی کنترلشده در قالب پنجرههای بهطور میانگین 1/5 مگابازی از SNPهای مجاور ارائه شد. پنجرههایی که بیش از یک درصد واریانس را کنترل میکردند بهعنوان مناطق ژنومی مؤثر و برای یافتن ژنهای کاندیدا استفاده شدند. تعداد 13 پنجره ژنومی معنیدار روی هشت کروموزوم، 23 درصد کل واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای SMYD1، ADGRG6وCFL2بودند. بیشترین واریانس مربوط به پنجرهای روی کروموزوم شماره دو بود. تعداد 20 پنجره روی هشت کروموزوم و شامل ژنهای کاندیدای ACSL1،PPA2 ، FGF2 و RBL2مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجرهها 38 درصد واریانس ژنتیکی را کنترل میکردند و مهمترین پنجره روی کروموزوم شماره چهار بود. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی هفت کروموزوم، 23/7درصد از واریانس ژنتیکی را توجیه میکردند و حاوی ژنهای کاندیدای ATRNL1و PTPN4بود. نتایج نشان داد چهار منطقه ژنومی اثر پلیوتروپی دارند. باتوجه به شناسایی مناطق ژنومی جدیدونقش کلیدی ژنهای ذکرشده مرتبط با مصرف خوراک میتوان کارایی روش تکمرحلهای برای پویش ژنومی صفات بازده مصرف خوراک را تأییدکرد.
حسین محمدی؛ امیر حسین خلت آبادی فراهانی؛ محمد حسین مرادی؛ ابوذر نجفی
دوره 23، شماره 4 ، دی 1400، ، صفحه 481-490
چکیده
درک کنترل ژنتیکی خلقوخوی بهعنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلقوخوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو ...
بیشتر
درک کنترل ژنتیکی خلقوخوی بهعنوان یک صفت پیچیده و دارای همبستگی با صفات اقتصادی یکی از اهداف اصلاح نژادی در صنعت گاو گوشتی است. هدف پژوهش حاضر، مطالعه پویش کل ژنوم بر مبنای تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاههای ژنی مؤثر بر صفات مرتبط با خلقوخوی گاو نژاد براهمن بود. بدین منظور از اطلاعات ژنوتیپی 1370 رأس گاو براهمن و رکوردهای فنوتیپی شامل سرعت خروج، امتیاز پن و امتیاز خلقوخوی استفاده شد. ارزیابی پویش کامل ژنوم با PLINK نسخه 1/90 انجام شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه های ژنی بهوسیله بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در نهایت تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاههای برخط GO، Metacyc، KEGG، Reactome و Panther استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای بیوشیمیایی و )ژنهای کاندیدای( neurotransmitter secretion (NRXN3 و CACNG3)،Cycle Dopamine Neurotransmitter Release (PPFIA2)، regulation of neuron projection development (GRID2)، neuron projection (SLC8A1 و KCNQ2)، Axonal growth inhibition (RTN4R)، Neurotrophin signaling pathway (MAP2K2، MAP3K5 و PSEN1) و Focal adhesion (TLN2) مرتبط با سرعت خروج شناسایی شدند. ژنهای کاندیدای شناساییشده نقش مهمی در تفرق و تمایز سیناپسها، انتقالدهندههای عصبی، بیماریهای عصبی و اختلال روانی، استرسهای اکسیداتیو و محیطی، گیرندههای هورمونی و هموستازی گلوکز داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی حیوانات با تولید بالاتر از طریق دامهای آرام مفید باشد.
حسین عمرانی؛ رسول واعظ ترشیزی؛ علی اکبر مسعودی؛ علی رضا احسانی
دوره 19، شماره 1 ، اردیبهشت 1396، ، صفحه 33-45
چکیده
سندرم آسیت بیماری متابولیکی پرهزینهای است که به دلیل انتخاب شدید برای سرعت رشد وکاهش ضریب تبدیل غذاییدر طیور اتفاق میافتد. این سندرم یکی از مهمترین عوامل مرگومیر در صنعت جوجه گوشتی است و عامل خسارات قابلتوجه اقتصادی و کاهش آسایش حیوان است. در این تحقیق به منظور یافتن ژن و نواحی ژنومی مؤثر بر سندرم آسیت، مطالعه پویش کل ژنوم ...
بیشتر
سندرم آسیت بیماری متابولیکی پرهزینهای است که به دلیل انتخاب شدید برای سرعت رشد وکاهش ضریب تبدیل غذاییدر طیور اتفاق میافتد. این سندرم یکی از مهمترین عوامل مرگومیر در صنعت جوجه گوشتی است و عامل خسارات قابلتوجه اقتصادی و کاهش آسایش حیوان است. در این تحقیق به منظور یافتن ژن و نواحی ژنومی مؤثر بر سندرم آسیت، مطالعه پویش کل ژنوم (GWAS) با استفاده از یک تراشه SNP 60k ژنوم مرغ در 101پرنده نسل F2 حاصل تلاقی دوطرفه مرغ بومی آذربایجان غربی و سویه گوشتی آرین انجام شد. از روش آماری بهترین پیشبینی نا اریب خطی (GBLUP) جهت بررسی ارتباط SNP ها با صفات مرتبط با آسیت استفاده شد. بر روی کروموزم هفت چندین SNP برای صفت نسبت بطن راست به کل بطن به عنوان شاخص آسیت، به سطح احتمال پیشنهادی (5-10 × 253/8) رسیدند.دو SNP پیشنهادی در داخل ژنCCDC141 و OSBPL6 واقع شدند که پیشتر به عنوان ژنهای مؤثر بر نارسائیهای قلبی در انسان گزارش شده بودند. این ناحیه ژنومی (14602723- 12745561) بر روی کروموزوم هفت شامل ژنهای متعددی است که در انسان بر روی هایپرتروفیعضله قلب، ضربان قلب و بیماریهای قلبی تأثیر دارند. انتخاب برای مقاومت به آسیت در جوجههای گوشتی با استفاده از این یافتهها، باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی خواهد شد.