حسین محمدی؛ محمد شمس اللهی
مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 02 آذر 1402
چکیده
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایه‌های ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف ...
بیشتر
این پژوهش به منظور مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه ژنی جهت شناسایی جایگاه‌های ژنی مؤثر بر برخی صفات مرتبط با تولید و کیفیت الیاف در بزهای کشمیری با استفاده از آرایه‌های ژنومی با تراکم بالا بوده است. برای این منظور، ارزیابی پویش ژنومی از 192 بز نژاد کشمیری با صفات تولیدی شامل میانگین قطر الیاف، طول دسته الیاف و وزن بیده در برنامه GEMMA انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt2 ژنهای معنی‌داری شناسایی گردید. در نهایت تفسیر مجموعه ژنی با نرم افزار KOBAS با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژنهای کاندیدا انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که مناطق ژنومی شناسایی شده به طور مستقیم و غیر مستقیم با ژنهای مؤثر بر تولید کراتینوسیت‌ها، رشد و توسعه اپیدرمال، رشد و توسعه فولیکول‌های مو و کلاژن همپوشانی دارند. در آنالیز غنی سازی مجموعه ژنی تعداد 18 مسیر هستی شناسی ژنی و مسیر KEGG با صفات الیاف مرتبط بودند (P˂0.05). از این بین، مسیرهای مسیر سیگنال‌دهی اکسی‌توسین، تنظیم پروتئین‌های انتقالی داخل سلولی و تفرق سلولی اپیدرمال نقش مهمی در رشد فولیکول‌های مو، تحریک کلاژن و تنظیم بیان ژن داشتند. همچنین در ارتباط با کمیت الیاف مسیرهای ترشح انسولین، مسیر سیگنال‌دهی MAPK و پاسخ سلولی به محرک‌های هورمونی ارتباط معنی‌داری داشتند. به هر حال بررسی بیشتر ژنهای مرتبط با مناطق ژنومی بدست آمده از مطالعات جستجوی پویش ژنومی ضروری است. استفاده از یافتههای این تحقیق میتواند باعث تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامه‌های اصلاح نژادی بز با هدف تولید الیاف ظریف‌تر شود.
امیرحسین خلت آبادی فراهانی؛ حسین محمدی؛ محمد حسین مرادی
دوره 22، شماره 3 ، مهر 1399، ، صفحه 325-335
چکیده
هدف از این پژوهش، بررسی صفت تعداد نتاج در هر زایش میش بهعنوان یک صفت تولیدمثلی مهم بود. به این منظور از رکوردهای فنوتیپی هفت نژاد گوسفند وادی، هوی، ایسلندی، فینشیپ و رومانوف با باروری بالا و نژادهای تکسل و راهمنی با باروری پایین، برای مطالعه پویش ژنومی بر پایه آنالیز غنیسازی به‌منظور شناسایی مکانیسمهای زیستی استفاده ...
بیشتر
هدف از این پژوهش، بررسی صفت تعداد نتاج در هر زایش میش بهعنوان یک صفت تولیدمثلی مهم بود. به این منظور از رکوردهای فنوتیپی هفت نژاد گوسفند وادی، هوی، ایسلندی، فینشیپ و رومانوف با باروری بالا و نژادهای تکسل و راهمنی با باروری پایین، برای مطالعه پویش ژنومی بر پایه آنالیز غنیسازی به‌منظور شناسایی مکانیسمهای زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنومی در بسته GenABEL برنامه R انجام شد. آنالیز غنیسازی مجموعه ژنی با بسته نرم‌افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژنهای BMP5، DHCR24، BMPR1B، ESR1، ESR2 و PLCB1 در نژادهای وادی و رومانوف، ژنهای SMAD1، SMAD2، INSR و PTGS2 در نژادهای فینشیپ و هوی، ژنهای BMP7، NCOA1 و ERBB4 در گوسفند ایسلند، ژنهای BMP4، MSRB3 و SPP1 در نژاد تکسل، و ژنهای BMP7، EGFR و KCNMA1 در نژاد راهمنی با تعداد نتاج متولدشده مرتبط بودند. در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد 30 مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده، مسیرهای TGF-β signaling pathway،Oxytocin signaling pathway ، Estrogen signaling pathway، Prolactin signaling pathway وInsulin signaling pathway نقش مهمی در نرخ تخمکریزی و چند قلوزایی داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق تعداد نتاج بیشتر در هر زایش مفید باشد.