بیژن محمودی؛ جمال فیاضی؛ هدایت اله روشنفکر؛ محسن ساری؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 22، شماره 3 ، مهر 1399، ، صفحه 337-348
چکیده
هدف این پژوهش شناسایی lncRNAهای دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی مؤثر در بروز اسیدوز بود. به این منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (3 گوساله نر سالم) و گروه بیمار (3 گوساله نر مبتلا به اسیدوز) بهصورت مقایسهای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq2500 انجام شد. از نرمافزار Hisat2 برای همترازی ...
بیشتر
هدف این پژوهش شناسایی lncRNAهای دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی مؤثر در بروز اسیدوز بود. به این منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (3 گوساله نر سالم) و گروه بیمار (3 گوساله نر مبتلا به اسیدوز) بهصورت مقایسهای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq2500 انجام شد. از نرمافزار Hisat2 برای همترازی خوانشها با ژنوم مرجع گاو و بسته نرمافزاری StringTie جهت سرهمبندی رونوشتها استفاده شد. با استفاده از توالییابی نسل بعد، 1636 ژن متعلق به lncRNAهای شناختهشده بین ژنی شناسایی شد که تغییرات بیان 56 ژن معنیدار بود (05/0P≤). ژنهای همجوار lncRNAهای شناختهشده بین ژنی روی ژنوم گاو هلشتاین تعیین شدند. نتایج نشان داد با سطح احتمال 05/0P≤، پنج مسیر بیولوژیکی Apelin signaling pathway، Gap junction، Glucagon signaling pathway، Renin secretion وAGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications غنی میشوند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژنها نشان داد دو عملکرد مولکولی شامل gap junction channel activity و phosphatidylinositol phospholipase C activity بهطور معنیدار غنی میشوند. برخی lncRNAها در نمونههای سالم و اسیدوزی بیان متفاوتی داشتند و کاهش pH بهعنوان محرکی برای فعالشدن برخی مسیرهای بیولوژیکی ترارسانی پیام عمل کرد. براساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنیدار در گروه کنترل و اسیدوز دارند با مسیرهای مرتبط با سوختوساز انرژی شکمبه و ترارسانی پیام همراه میباشند. از lncRNAها میتوان بهعنوان عامل پیشآگاهیدهنده اسیدوز و بیومارکر در اصلاح دام استفاده نمود.
سارا عطایی نظری؛ عبدالله محمدی سنگ چشمه؛ محمدرضا بختیاری زاده؛ علی اسدی الموتی؛ علی فولادی نشتا
دوره 22، شماره 3 ، مهر 1399، ، صفحه 491-500
چکیده
هدف از این مطالعه، بررسی اثر غلظتهای مختلف لیپوپلیساکارید در محیط کشت بر بلوغ تخمک، توانایی تکوینتخمک و فراسنجههایمرتبط با محیط کشت بلوغ شامل گلوکز، پیروات، لاکتات و اسیدآمینه گلوتامین بود. تیمارهای آزمایشی شامل غلظتهای صفر (شاهد)، 0/01، 0/1، 1 و 10 میکروگرم در میلیلیتر لیپوپلیساکارید در محیط کشت بلوغ تخمک بود. تخمکها ...
بیشتر
هدف از این مطالعه، بررسی اثر غلظتهای مختلف لیپوپلیساکارید در محیط کشت بر بلوغ تخمک، توانایی تکوینتخمک و فراسنجههایمرتبط با محیط کشت بلوغ شامل گلوکز، پیروات، لاکتات و اسیدآمینه گلوتامین بود. تیمارهای آزمایشی شامل غلظتهای صفر (شاهد)، 0/01، 0/1، 1 و 10 میکروگرم در میلیلیتر لیپوپلیساکارید در محیط کشت بلوغ تخمک بود. تخمکها بههمراه سلولهای کومولوس اطراف آن در حضور غلظتهای مختلف لیپوپلیساکارید کشت داده شدند. پس از 24 ساعت محیط کشت جمعآوری و درصد بلوغ تخمکها، درصد تسهیم و تولید بلاستوسیست محاسبه شد. درصد بلوغ تخمک در تیمار با سطح 10 میکروگرم در میلیلیتر از لیپوپلیساکارید پایینترین بود (p<0/05). در بین فراسنجههای اندازهگیریشده، تنها غلظت گلوکز در پاسخ به سطوح افزایشی لیپوپلیساکارید موجود در محیط کشت بهصورت خطی کاهش یافت (p<0/05)، بهطوریکه تیمار 10 میکروگرم در میلیلیتر لیپوپلیساکارید غلظت گلوکز پایینتری نسبت به تیمارهای دیگر داشت. درصد تسهیم در تیمار دارای 10 میکروگرم در میلیلیتر لیپوپلیساکارید در مقایسه با بقیه تیمارها پایینتر بود (p<0/05). همچنین سطوح 1 و 10 میکروگرم در میلیلیتر از لیپوپلیساکارید منجر به کاهش معنیدار درصد تولید بلاستوسیست در مقایسه با تیمار شاهد شد (p<0/05). براساس نتایج این پژوهش، لیپوپلیساکارید اثرات منفی بر تکوین تخمک گوسفند دارد و اثرات آن احتمالاً از طریق تأثیر بر مسیرهای مرتبط با متابولیسم انرژی میانجیگری میگردد. بهکارگیری برنامههای مدیریتی بهمنظور کنترل عوامل افزایشدهنده غلظت لیپوپلیساکارید در دوره تولیدمثل میتواند از کاهش عملکرد تولیدمثلی دام جلوگیری کند.
سُید نادر آلبوشوکه؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 21، شماره 2 ، تیر 1398، ، صفحه 165-180
چکیده
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانشها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهمبندی رونوشتها ...
بیشتر
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالییابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانشها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهمبندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بینژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناساییشده در دو گروه بینژنی و اینترونی بهترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنادار بین دو گروه شد. بررسی جایگاههای ژنی lncRNAهای با تفاوت معنادار، نشان داد که این ژنها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژنهای GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها همسو با بیان lncRNAهای همجوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنادار داشتند. بررسی عملکردی این ژنها نشان داد که همگی در رشد عضله اسکلتی مؤثر هستند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد، lncRNAهای شناساییشده، احتمالاً پتانسیل تنظیم ژنهای درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و میتوانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهدهشده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.
رضا خلخالی ایوریق؛ سید حسن حافظیان؛ نعمت هدایت ایوریق؛ ایوب فرهادی؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 20، شماره 1 ، اردیبهشت 1397، ، صفحه 109-120
چکیده
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی ...
بیشتر
این مطالعه به منظور شناسایی حذف و درجهای (ایندلها) موجود در ژنوم شتر تککوهانه ایرانی و ارزیابی گروههای عملکردی مرتبط با آنها، با استفاده از دادههای توالییابی شده ژنوم کامل دو نفر شتر تککوهانه ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. در این تحقیق، برای افزایش دقت و صحت ایندلهای شناسایی شده، از دو برنامه قدرتمند شناسایی واریانت (GATK و SAMtools) استفاده گردید. در نهایت، تنوعهای شناسایی شده مشترک بین دو برنامه، بعد از پالایش کیفی به عنوان ایندلهای نهایی در نظر گرفته شدند. مطالعه حاضر منجر به شناسایی تعداد 351429 ایندل برای شتر یزدی و 341479 ایندل برای شتر طرودی شد. برای انجام آنالیزهای بیشتر، از ایندلهایی استفاده شد که در حاشیهنویسی به عنوان واریانتهای با اثر بالا طبقهبندی شده بودند. تعداد ایندلهای با اثر بالا به ترتیب برای شتر یزدی و طرودی برابر با 3424 و 3506 بودند. برای انجام مقایسه بین نمونه شترهای ایرانی و شترهای غیر ایرانی، از دادههای توالییابی کل ژنوم یک نمونه شتر با منشاء آفریقایی استفاده شد. مقایسه ایندلهای با اثر بالا بین سه نمونه، نشان داد که تعداد 1595 ایندل، بین آنها مشترک میباشند. ارزیابی نتایج ژن آنتولوژی نشان داد که بسیاری از عبارات معنیدار شده، مربوط به توانایی شترها برای تحمل شرایط سخت بیابانی میباشند.
الهام جعفری؛ محمدرضا بختیاری زاده؛ عبدالرضا صالحی
دوره 18، شماره 4 ، دی 1395، ، صفحه 647-659
چکیده
ورم پستان یکی از بیماریهای عفونی غدد پستان است که هزینههای زیادی را به صنعت گاو شیری تحمیل میکند. مکانیسم تنظیمی این بیماری پیچیده بوده و تحت کنترل ژنهای تنظیمی مختلفی قرار دارد. در مطالعه حاضر به منظور درک بهتر عناصر تنظیمی درگیر در بیماری ورمپستان، نمونههای شیر گاوهای سالم و آلوده در طی سری زمانی صفر، ۱۲، ۳۶،۲۴ و ۴۸ ساعت ...
بیشتر
ورم پستان یکی از بیماریهای عفونی غدد پستان است که هزینههای زیادی را به صنعت گاو شیری تحمیل میکند. مکانیسم تنظیمی این بیماری پیچیده بوده و تحت کنترل ژنهای تنظیمی مختلفی قرار دارد. در مطالعه حاضر به منظور درک بهتر عناصر تنظیمی درگیر در بیماری ورمپستان، نمونههای شیر گاوهای سالم و آلوده در طی سری زمانی صفر، ۱۲، ۳۶،۲۴ و ۴۸ ساعت پس از آلودگی جمعآوری گردید. دادههای miRNA-seq از نمونههای شیر بدست آمد و با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی پیشرفته، miRNAهای جدید، ژنهای هدف آنها، عملکرد احتمالی آنها، ایزومیرها و همچنین miRNA*های جدید شناسایی شد. نتایج منجر به شناسایی نود و دو miRNA جدید شد که تعداد بیست و شش miRNA دارای ژن همولوگ و شصت و شش miRNA فاقد ژن همولوگ در دیگر گونهها بود. بررسی گروه-های کارکردی ژنهای هدف، مؤید نقش miRNAهای جدید در بسیاری از مکانیسمهای مقابله با التهاب و آلودگی از جمله، پاسخ به تحریکات داخلی و خارجی، مرگ سلولی و تولید ایمنوگلوبین است. همچنین علاوه بر این، صد و سی و پنجmiRNA* جدید نیز شناسایی شد. در مطالعه حاضر ۴۹۳ ایزومیر جدید شناسایی شد که در گونههایی نظیر انسان و موش دارای عملکردهای مرتبط با ایمنی میباشند. بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه ژنهای هدف miRNAهای جدید در مسیرهای مرتبط با بیماری ورم پستان از جمله ایمنی، مرگ سلولی و التهاب نقش دارند و این مطلب میتواند مؤید نقش احتمالی و تنظیمی miRNAهای جدید شناسایی شده در بروز ورم پستان باشد.
زهره مزدوری؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 18، شماره 1 ، فروردین 1395، ، صفحه 13-26
چکیده
این تحقیق بهمنظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی بیان ژنهای مربوط به تعادل منفی انرژی انجام شد. ژنهای با بیان بالا در تعادل منفی انرژی با استفاده از دادههای ریزآرایه و RNA-seq شناسایی و توالیهای پروموتری آنها برای شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در ارتباط با این مراحل تجزیه و تحلیل شدند. افزون بر این، از پایگاه اطلاعاتی STRING برای ...
بیشتر
این تحقیق بهمنظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی بیان ژنهای مربوط به تعادل منفی انرژی انجام شد. ژنهای با بیان بالا در تعادل منفی انرژی با استفاده از دادههای ریزآرایه و RNA-seq شناسایی و توالیهای پروموتری آنها برای شناسایی فاکتورهای رونویسی جدید در ارتباط با این مراحل تجزیه و تحلیل شدند. افزون بر این، از پایگاه اطلاعاتی STRING برای ترسیم شبکۀ ژنی مرتبط با فاکتورهای رونویسی شناساییشده در تعادل منفی انرژی استفاده شد. نتایج تجزیه و تحلیل بیان ژنها نشان داد که هشت ژن بیان بالا و معنادار در مقایسه تعادل منفی انرژی شدید نسبت به خفیف دارند (05/0< P). درنتیجۀ تجزیه و تحلیل پروموتری این ژنها، 19 فاکتور رونویسی شناسایی شد. این مجموعه مشتمل بر یک فاکتور رونویسی (NF-κB) با نقش تأییدشده در تعادل منفی انرژی و فاکتورهای رونویسی جدید همچون SP1، ZBP89، NFI، Zf9، MYC، ZBTB7A، FOXF2، و KLF6، که نقش تنظیمی آنها در تعادل منفی انرژی گزارش نشده، است. براساس نتایج، 18 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفیشده در این مطالعه میتوانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکۀ تنظیمی مؤثر در تعادل منفی انرژی فراهم کنند.
رعنا جهان بین؛ پریسا یزدان شناس؛ مهدی امین افشار؛ عبدالله محمدی سنگ چشمه؛ حمید ورناصری؛ محمد چمنی؛ محمدحسن نظران؛ محمدرضا بختیاری زاده
دوره 17، شماره 2 ، مهر 1394، ، صفحه 371-380
چکیده
این تحقیق بهمنظور بررسی اثر غلظتهای گوناگون نانوذرات روی بر شاخصهای کیفی منی گاو پس از فرایند انجمادـیخگشایی انجام شد. از چهار گاو نر هلشتاین به مدت چهار هفته و هر هفته دو نوبت اسپرمگیری شد. نمونههای منی پس از اضافهکردن مقادیر صفر، 6-10، 5-10، 4-10، 3-10، و 2-10 مولار نانوذرات روی به رقیقکنندۀ بایوکسل، منجمد و پس از 72 ساعت ...
بیشتر
این تحقیق بهمنظور بررسی اثر غلظتهای گوناگون نانوذرات روی بر شاخصهای کیفی منی گاو پس از فرایند انجمادـیخگشایی انجام شد. از چهار گاو نر هلشتاین به مدت چهار هفته و هر هفته دو نوبت اسپرمگیری شد. نمونههای منی پس از اضافهکردن مقادیر صفر، 6-10، 5-10، 4-10، 3-10، و 2-10 مولار نانوذرات روی به رقیقکنندۀ بایوکسل، منجمد و پس از 72 ساعت یخگشایی شدند. میزان تحرک اسپرم با نرمافزار کاسا (Computer Assisted Sperm Analysis; CASA) ارزیابی شد. میزان زندهمانی، یکپارچگی غشا، مورفولوژی، و میزان فعالیت میتوکندریایی اسپرمها در نمونههای اسپرم مربوط به بیشترین و کمترین غلظتهای نانوذرات روی با همراه گروه شاهد ارزیابی شدند. تفاوت در میزان تحرک اﺳﭙﺮم، میزان زندهمانی، و درصد اسپرم با ظاهر غیرطبیعی بین غلظتهای آزمایشی معنیدار نبود. دادههای حاصل از فلوسایتومتری و آزمون هاس نشان داد که یکپارچگی غشا و فعالیت میتوکندریایی اسپرم در گروههای 6-10 و 2-10 مولار نانوروی در مقایسه با گروه شاهد بیشتر بود (05/0P<). نتایج پژوهش حاضر نشان داد که با اضافهکردن نانوذرات روی به رقیقکنندۀ اسپرم گاو یکپارچگی غشا و فعالیت میتوکندریایی اسپرم بیشتر میشود.