حمیده نوری صادق؛ علی مقصودی؛ محمد رکوعی؛ هادی فرجی آروق؛ مهدی جهان تیغ
دوره 24، شماره 1 ، فروردین 1401، ، صفحه 13-21
چکیده
هدف از این پژوهش، بررسی پاسخ ایمنی همورال علیه گلبول قرمز گوسفند (SRBC) و ویروس بیماری نیوکاسل (NDV) در دو جنس نر و ماده از دو سویه وحشی و خالدار ایتالیایی بلدرچین بود. برای مقایسه فنوتیپی دو جنس از مدل واکاوی یک طرفه و برای واکاوی ژنتیکی یک مدل دام ساده با فرض وجود تفاوت مؤلفههای واریانس بین دو جنس از بسته نرمافزاری MCMCglmm نرمافزار ...
بیشتر
هدف از این پژوهش، بررسی پاسخ ایمنی همورال علیه گلبول قرمز گوسفند (SRBC) و ویروس بیماری نیوکاسل (NDV) در دو جنس نر و ماده از دو سویه وحشی و خالدار ایتالیایی بلدرچین بود. برای مقایسه فنوتیپی دو جنس از مدل واکاوی یک طرفه و برای واکاوی ژنتیکی یک مدل دام ساده با فرض وجود تفاوت مؤلفههای واریانس بین دو جنس از بسته نرمافزاری MCMCglmm نرمافزار R استفاده شد. مقایسه فنوتیپی در دو جنس نر و ماده در هیچیک از سویهها تفاوت معنی‌داری نشان نداد. در هر دو سویه، وراثتپذیری پاسخهای ایمنی همورال در نرها بالاتر از مادهها برآورد شد. در سویه وحشی برآورد وراثتپذیری IgT در نرها (187/0) و IgY در مادهها (177/0) بالاتر از سایر پاسخهای علیه SRBC بود. بالاترین وراثتپذیری مربوط به پاسخ ایمنی علیه NDV بود، بهطوریکه در جنس نر و ماده سویه وحشی به‌ترتیب 214/0 و 268/0 برآورد شد. براساس نتایج حاصل، انتخاب ژنتیکی برای پاسخ سیستم ایمنی علیه نیوکاسل موجب بهبود عملکرد سیستم ایمنی می‌شود. با توجه به برآورد بالاتر وراثتپذیری پاسخهای ایمنی در نرها، انتخاب ژنتیکی این صفات بهویژه علیه NDV در نرها موجب پیشرفت ژنتیکی بیشتری می‌شود.
نوراله شاهرودی؛ محمد رکوعی؛ هادی فرجی آروق؛ علی مقصودی؛ مرتضی کیخا صابر
دوره 23، شماره 4 ، دی 1400، ، صفحه 491-500
چکیده
هدف از این پژوهش، برازش مدلهای غیرخطی مختلف برای توصیف منحنی رشد و انتخاب مناسبترین مدل توصیفکننده منحنی رشد برای گوسالههای گاو سیستانی بود. از رکوردهای وزن بدن 241 گوساله (118 رأس نر و 123 رأس ماده) که توسط ایستگاه تحقیقات گاو سیستانی زهک بین سالهای 1389 تا 1396 جمعآوری شده بود، استفاده شد. چهار مدل غیرخطی (گمپرتز، لجستیک، ...
بیشتر
هدف از این پژوهش، برازش مدلهای غیرخطی مختلف برای توصیف منحنی رشد و انتخاب مناسبترین مدل توصیفکننده منحنی رشد برای گوسالههای گاو سیستانی بود. از رکوردهای وزن بدن 241 گوساله (118 رأس نر و 123 رأس ماده) که توسط ایستگاه تحقیقات گاو سیستانی زهک بین سالهای 1389 تا 1396 جمعآوری شده بود، استفاده شد. چهار مدل غیرخطی (گمپرتز، لجستیک، ریچاردز، و ویبول) بر روری رکوردهای وزن بدن برازش و مناسبترین مدل توسط معیارهای برازش نیکویی (جذر میانگین مربعات خطا، معیار اطلاعات بیزی، معیار اطلاعات آکائیک و ضریب تعیین تصحیحشده) مورد ارزیابی قرار گرفت. براساس معیارهای برازش نکویی، مدل ریچاردز مناسبترین تابع برای توصیف منحنی رشد در گوسالههای نر و ماده بود. اثر جنس بر روی فراسنجه های منحنی ها در بسیاری از توابع معنی دار بود (0/05>P). مدلهای لجستیک و ریچاردز به‌ترتیب بالاترین و پایینترین مقدار فراسنجه مرتبط با وزن ابتدایی را داشتند. گوسالههای نر در سن و وزن بالاتری نسبت به گوساله های ماده به نقطه عطف رسیدند. با توجه به نتایج حاصل برای مدیریت بهتر تغذیهای و انتخاب برای رشد سریع با صحت بالا، میتوان از مدل مناسب جهت بررسی الگوی رشد این نژاد استفاده نمود.
مژده محمودی زرندی؛ محمد رکوعی؛ مهدی وفای واله؛ علی مقصودی
دوره 22، شماره 1 ، فروردین 1399، ، صفحه 9-22
چکیده
این مطالعه به‌منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات رشد و بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی و با استفاده از تعداد 7762 داده صفت بازده مصرف خوراک و 12113 داده مربوط به صفت افزایش وزن بدن، جمعآوری شده در پژوهشکده دام‌های خاص دانشگاه زابل انجام شد. صفات مورد نظر شامل افزایش وزن بدن در بازه‌های 25-20، 30-25، 35-30، 40-35، 45-40 و هچ تا 45 روزگی، خوراک مصرفی، ...
بیشتر
این مطالعه به‌منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات رشد و بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی و با استفاده از تعداد 7762 داده صفت بازده مصرف خوراک و 12113 داده مربوط به صفت افزایش وزن بدن، جمعآوری شده در پژوهشکده دام‌های خاص دانشگاه زابل انجام شد. صفات مورد نظر شامل افزایش وزن بدن در بازه‌های 25-20، 30-25، 35-30، 40-35، 45-40 و هچ تا 45 روزگی، خوراک مصرفی، ضریب تبدیل خوراک و باقیمانده مصرف خوراک از 20 تا 45 روزگی بودند. پارامترهای ژنتیکی صفات با استفاده از تجزیه و تحلیل تک و دو صفتی از طریق نمونه‌گیری گیبس برآورد شد. دامنه وراثت‌پذیری‌های برآورد شده برای افزایش وزن بدن 0/23-0/02 و خوراک مصرفی، ضریب تبدیل خوراک و باقیمانده مصرف خوراک 0/04 تا 0/11 بدست آمد. همبستگی ژنتیکی مربوطه بین افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 25-20 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 30-25 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 35-30 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 40-35 روزگی، افزایش وزن بدن و ضریب تبدیل خوراک 45-40 روزگی، به ترتیب برابر با 0/56-، 0/49-، 0/57-، 0/70- و 0/25 بود. با توجه به همبستگی‌های ژنتیکی برآورد شده از این مطالعه، انتخاب برای افزایش وزن بدن و کاهش بازده مصرف خوراک برای بهبود صفات بازده مصرف خوراک در بلدرچین ژاپنی توصیه می‌شود. این انتظار وجود دارد که انتخاب برای این صفات هزینه‌های برنامه‌های اصلاحی، بیشتر مرتبط با بحث خوراک و انتخاب از روی فنوتیپ حیوانات را کاهش دهد.
علی وجدان حسن کیاده؛ محمد رکوعی؛ غلامرضا داشاب؛ احمدرضا سیدعلیان؛ هادی فرجی آروق
دوره 21، شماره 2 ، تیر 1398، ، صفحه 181-192
چکیده
این تحقیق با هدف برآورد عوامل محیطی موثر بر بقاء و برآورد پارامترهای ژنتیکی بقاء از یک تا آخرین روز رکوردبرداری در گوسفند زندی انجام شد. اطلاعات مورد استفاده شامل رکوردهای بقاء 9558 بره متولد شده از 273 قوچ و 2328 میش بود که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور در طول 25 سال (1366 تا 1390) جمعآوری شده بود. عوامل مؤثر بر بقاء و خطر حذف توسط دو بسته نرمافزاری ...
بیشتر
این تحقیق با هدف برآورد عوامل محیطی موثر بر بقاء و برآورد پارامترهای ژنتیکی بقاء از یک تا آخرین روز رکوردبرداری در گوسفند زندی انجام شد. اطلاعات مورد استفاده شامل رکوردهای بقاء 9558 بره متولد شده از 273 قوچ و 2328 میش بود که توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور در طول 25 سال (1366 تا 1390) جمعآوری شده بود. عوامل مؤثر بر بقاء و خطر حذف توسط دو بسته نرمافزاری Survival و cmprsk برآورد شدند. برآورد مؤلفههای واریانس صفت بقاء با استفاده از توزیع نمایی بر مبنای داده‌های سانسور شده توسط مدل با اثر افزایشی (مدل 1) و مدل با اثر افزایشی و محیط دائم مادری (مدل 2) تحت رویکرد بیزین و تکنیک نمونه‌گیری گیبس انجام گرفت. تعداد 1000000 نمونه با دوره سوخته 100000 و فاصله نمونه گیری 75 برای برآورد مؤلفههای واریانس استفاده شد. نتایج نشان داد، که اثرات عوامل سال تولد، ماه تولد، وزن تولد، نوع تولد، جنس بره (p<0.001) و سن مادر (p< 0.01) بر صفت بقا معنی دار بود. وراثت پذیری مستقیم صفت بقا درمدل 1 و 2 به ترتیب 0.184(0.136-0.234) و 0.162( 0.120- 0.210) بود. نسبت واریانس محیط دائمی مادری به واریانس فنوتیپی 0.046( 0.031- 0.056) بود. براساس نتایج این تحقیق، بهبود ژنتیکی بقا بره های زندی توسط انتخاب ژنتیکی امکان پذیر بئده و مدیریت بهتر عوامل محیطی در کاهش خطر حذف بره های این نژاد موثر می باشد.
مریم آرین فر؛ محمد رکوعی؛ غلامرضا داشاب؛ هادی فرجی آروق
دوره 20، شماره 3 ، آبان 1397، ، صفحه 351-363
چکیده
هدف از این تحقیق، مقایسه برخی توابع غیرخطی (وود، دهانوا، ویلمینک، علی- شفر، کاپیوبورلینو، کوبی- لیدو، دایجکسترا، روک، گوس و نلدر) برای توصیف منحنی تولید شیر سه دورۀ شیردهی گاوهای هلشتاین ایران بود. به‌ترتیب از 6079976، 4879486 و 3312416 رکورد روزآزمون شیر 3550 گله مربوط به سه دورۀ شیردهی اول، دوم و سوم که بین سالهای 1362 تا 1396 توسط مرکز اصلاح ...
بیشتر
هدف از این تحقیق، مقایسه برخی توابع غیرخطی (وود، دهانوا، ویلمینک، علی- شفر، کاپیوبورلینو، کوبی- لیدو، دایجکسترا، روک، گوس و نلدر) برای توصیف منحنی تولید شیر سه دورۀ شیردهی گاوهای هلشتاین ایران بود. به‌ترتیب از 6079976، 4879486 و 3312416 رکورد روزآزمون شیر 3550 گله مربوط به سه دورۀ شیردهی اول، دوم و سوم که بین سالهای 1362 تا 1396 توسط مرکز اصلاح نژاد دام کشور جمعآوری شده بود، استفاده گردید. میانگین رکوردهای روزآزمون برای این سه دوره به‌ترتیب 17/31، 08/34 و 83/33 کیلوگرم بود. جهت برازش توابع غیرخطی از بسته نرمافزاری nlmeنرمافزار R (نسخه 3.4.3) استفاده شد. توابع غیرخطی توسط چهار معیار نکویی برازش شامل معیار اطلاعات آکائیک (AIC)، معیار اطلاعات بیزی (BIC)، جذر میانگین مربعات خطا (RMSE) و شاخص دوربین- واتسون (DW) با هم مقایسه شدند. تابع روک نسبت به سایر توابع برازش بهتری از شکل منحنی استاندارد تولید شیر سه دورۀ اول شیردهی گاوهای هلشتاین ایران نشان داد. توابع گوس و روک بالاترین دقت را در پیشبینی زمان رسیدن به اوج تولید، میزان تولید شیر در اوج و تداوم تولید شیر در دورههای مختلف شیردهی نشان دادند امّا در کل، تابع روک قدرت پیشبینی بالایی در برآورد توصیفکنندههای منحنی تولید شیر داشت. بنابراین بهتر است جهت برازش منحنی تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران از این تابع استفاده شود.
محدثه نامور؛ غلامرضا داشاب؛ محمد رکوعی؛ هادی فرجی آروق؛ داود علی ساقی
دوره 19، شماره 2 ، مرداد 1396، ، صفحه 281-298
چکیده
این تحقیق با هدف مقایسه مدلهای مختلف برای برآورد پارامترهای ژنتیکی مستقیم و مادری و همچنین برآورد روند ژنتیکی برای صفات وزن بدن گوسفند کردی شمال خراسان انجام شد. از رکوردهای وزن تولد (7345 رکورد)، وزن سه (5905 رکورد)، شش (5294 رکورد)، نه (3800 رکورد) و یکسالگی (3863 رکورد) در طی سالهای 1368 تا 1391 که توسط مرکز اصلاح نژاد شهرستان شیروان جمعآوری ...
بیشتر
این تحقیق با هدف مقایسه مدلهای مختلف برای برآورد پارامترهای ژنتیکی مستقیم و مادری و همچنین برآورد روند ژنتیکی برای صفات وزن بدن گوسفند کردی شمال خراسان انجام شد. از رکوردهای وزن تولد (7345 رکورد)، وزن سه (5905 رکورد)، شش (5294 رکورد)، نه (3800 رکورد) و یکسالگی (3863 رکورد) در طی سالهای 1368 تا 1391 که توسط مرکز اصلاح نژاد شهرستان شیروان جمعآوری شده بود، استفاده گردید. برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات مختلف با شش مدل دام و نرمافزار ThrGibbsf90انجام گرفت. بهترین مدل با استفاده از معیار انحراف اطلاعات (DIC) انتخاب شد. وراثتپذیری مستقیم صفات وزن تولد، سه، شش، نه و یکسالگی به ترتیب (0007/0±)172/0، (0007/0(±257/0، (0006/0(±351/0، (0007/0(±120/0 و (0009/0(±131/0 بودند.اثر ژنتیکی مادری برای صفات وزن تولد، سه و شش ماهگی معنیدار بود (01/0P<) و نسبت واریانس محیط دائمی مادری به واریانس فنوتیپی از 055/0 (یکسالگی) تا 186/0 (تولد) متفاوت بود. اگرچه مقادیر وراثتپذیری مادری وزن بدن در سنین بیشتر از وزن تولد کمتر بود، ولی برازش اثرات تصادفی مادری (ژنتیک افزایشی و محیطی دائمی مادر) در مدل دام سبب برآورد دقیقتر پارامترهای ژنتیکی صفات مورد بررسی گردید. روند فنوتیپی صفات وزن تولد، سه، شش، نه و یک سالگی به ترتیب 4/8، 6/74، 3/8، 3/54 و 25/78 گرم در سال و روند ژنتیکی مستقیم برای این صفات به ترتیب 07/0-، 2/14، 9/21-، 7/13 و 9/24 گرم در سال برآورد شد. بنابراین، نتایج برآوردهای بیزی نشان داد که قابل اعتمادتر از روشهای آماری مرسوم هستند.
راضیه رحیم زاده؛ محمد رکوعی؛ هادی فرجی آروق؛ علی مقصودی؛ بهروز کشته گر
دوره 19، شماره 2 ، مرداد 1396، ، صفحه 299-310
چکیده
هدف از این تحقیق، برازش بهترین تابع برای منحنی تولید تخم طی 13 هفته بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور، رکوردهای هفتگی و انفرادی تولید تخم 314 بلدرچین ژاپنی برای برازش توابع استفاده شد. توابع لجستیک غیرخطی، گامای ناقص، گامای تصحیح شده، لخورست، ناروشین تاکما دو، جزء به جزء و لجستیک نلدر با نرمافزار R برازش شد. برای انتخاب بهترین تابع ...
بیشتر
هدف از این تحقیق، برازش بهترین تابع برای منحنی تولید تخم طی 13 هفته بلدرچین ژاپنی بود. بدین منظور، رکوردهای هفتگی و انفرادی تولید تخم 314 بلدرچین ژاپنی برای برازش توابع استفاده شد. توابع لجستیک غیرخطی، گامای ناقص، گامای تصحیح شده، لخورست، ناروشین تاکما دو، جزء به جزء و لجستیک نلدر با نرمافزار R برازش شد. برای انتخاب بهترین تابع از معیارهای میانگین مربعات خطا، معیار آکائیک و معیار اطلاعات بیزی استفاده شد. نتایج نشان داد که تابع ناروشین تاکما دو (کمترین میانگین مربعات خطا، معیار آکائیک و معیار اطلاعات بیزی) و تابع جزء به جزء (بیشترین میانگین مربعات خطا،معیار آکائیک، معیار اطلاعات بیزی) به ترتیب مناسبترین و نامناسبترین تابع برای توصیف منحنی تولید تخم بلدرچینها بودند. بیشترین همبستگی (953/0) بین مقادیر پیشبینی شده تعداد تخم با استفاده از توابع برازش شده و مقدار واقعی مربوط به تابع ناروشین تاکما دو بود. نتایج حاصل از مقایسات توابع و همبستگی‌های حاصل نشان میدهد که تابع ناروشین تاکما دو بهتر از سایر توابع مورد مطالعه در این تحقیق، تولید کوتاه مدت تخم بلدرچین ژاپنی را توصیف میکند و از این تابع میتوان برای پیشبینی توان تولید کوتاه مدت بلدرچین ژاپنی استفاده نمود.
فاطمه میر؛ محمد رکوعی؛ غلام رضا داشاب؛ هادی فرجی آروق
دوره 17، شماره 2 ، مهر 1394، ، صفحه 161-170
چکیده
هدف از انجام تحقیق حاضر، کمک به طراحی برنامۀ به‌گزینی پایه برای گاوهای سیستانی با استفاده از شبیه‌سازی تصادفی بود. بدینمنظور سه اندازۀ جمعیت (500، 1000، و 2000 رأس)، سه سطح تعداد گله (5، 10، و 20)، دو سطح شدت انتخاب (زیاد و کم)، و دو سطح روش آمیزش (تصادفی و حداقل همتباری) با هم ترکیب و درمجموع 36 راهبرد در مدت 30 سال شبیه‌سازی مقایسه شد. ...
بیشتر
هدف از انجام تحقیق حاضر، کمک به طراحی برنامۀ به‌گزینی پایه برای گاوهای سیستانی با استفاده از شبیه‌سازی تصادفی بود. بدینمنظور سه اندازۀ جمعیت (500، 1000، و 2000 رأس)، سه سطح تعداد گله (5، 10، و 20)، دو سطح شدت انتخاب (زیاد و کم)، و دو سطح روش آمیزش (تصادفی و حداقل همتباری) با هم ترکیب و درمجموع 36 راهبرد در مدت 30 سال شبیه‌سازی مقایسه شد. نتایج نشان داد که اثر همۀ عوامل بر پیشرفت ژنتیکی سالانه برای شایستگی کل، پیشرفت ژنتیکی سالانۀ وزن تولد (به استثنای روش آمیزش و شدت انتخاب) و وزن یکسالگی، تغییر سالانۀ همخونی (به استثنای تعداد گله)، فاصلۀ نسل (به استثنای روش آمیزش و شدت انتخاب)، و صحت انتخاب نرها و مادهها معنیدار بود (01/0P<). پیشرفت ژنتیکی سالانه در حالت شدت انتخاب زیاد، اندازۀ جمعیت 2000، و تعداد گلۀ کم (5 گله) در مقایسه با شدت انتخاب کم، اندازۀ جمعیت 500، و تعداد گلۀ بیشتر (20 گله) به‌ترتیب 5/8، 2/93، و 38درصد بیشتر بود. در آمیزش با حداقل همتباری باوجود کمتربودن پیشرفت ژنتیکی (11درصد)، افزایش سالانۀ همخونی در مقایسه با آمیزش تصادفی کمتر بود. نتایج تحقیق نشان میدهد که در برنامه‌های به‌گزینی گاو سیستانی باید تعداد گلۀ کم، اندازۀ جمعیت بزرگ، و شدت انتخاب زیاد باشد و برای کنترل همخونی جمعیت، آمیزش با روش حداقل همتباری انجام گیرد.
سمانه ابولی؛ غلامرضا داشاب؛ محمد رکوعی؛ مهدی وفای واله
دوره 17، شماره 1 ، فروردین 1394، ، صفحه 107-117
چکیده
چندشکلی ناحیۀ اگزون سوم جایگاه ژن FABP4 و ارتباط الگوهای ژنوتیپی شناسایی‌شده با صفات مرتبط با رشد با استفاده از 45 رأس گاو شامل نژاد سیستانی (30 رأس) و دشتیاری (15 رأس) بررسی شد. DNA از خون کامل استخراج و کیفیت آنها به‌کمک الکتروفورز ژل آگارز یک درصد بررسی شد. پس از تکثیر زنجیرهای پلیمرازی (PCR) و هضم آنزیمی آنها با NlaIII و الکتروفورز ...
بیشتر
چندشکلی ناحیۀ اگزون سوم جایگاه ژن FABP4 و ارتباط الگوهای ژنوتیپی شناسایی‌شده با صفات مرتبط با رشد با استفاده از 45 رأس گاو شامل نژاد سیستانی (30 رأس) و دشتیاری (15 رأس) بررسی شد. DNA از خون کامل استخراج و کیفیت آنها به‌کمک الکتروفورز ژل آگارز یک درصد بررسی شد. پس از تکثیر زنجیرهای پلیمرازی (PCR) و هضم آنزیمی آنها با NlaIII و الکتروفورز روی ژل آگارز 8/2 درصد، الگوهای ژنوتیپی دامها براساس اندازه و تعداد باندها تعیین شد. فراوانی نسبی الگوهای باندی شناسایی‌شده شامل ژنوتیپهایAA ، AB، و BB در دو نژاد سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 67، 30، و 3 و نیز 73، 27، و صفر درصد بودند. فراوانی آللهای A و Bدر جایگاه مطالعه‌شده در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 82، 18، 5/86، و 5/13 درصد محاسبه شد. شاخصهای هتروزایگوسیتی شامل شاخص شانون (I)، شاخص نئی، هتروزایگوسیتی مشاهده شد و هتروزایگوسیتی مورد انتظار در جمعیت سیستانی و دشتیاری به‌ترتیب 48، 30، 30 و30 و 39، 11، 27 و 24 درصد برآورد شد. الگوهای ژنوتیپی در جایگاه ژن FABP4 در جمعیت گاو سیستانی همبستگی معنی‌داری با وزن‌های شش، نه، و دوازده ماهگی نشان داد. بنابراین جایگاه مذکور میتواند به‌عنوان ژن کاندیدا در توصیف تنوع صفات مرتبط با رشد بعد از سن ازشیرگیری گوسالهها در برنامه‌های اصلاح نژادی استفاده شود.